| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information |
FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)
For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
DATABASE
/srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains
41920
sequences,
2515200
residues
MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/pwm.fimo (nucleotide)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10 | GCTAATTGGT |
Random model letter frequencies
(from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275
| Motif | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25869 | + | 12 | 21 | 9.09e-07 | 1 | GCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40294 | + | 25 | 34 | 9.09e-07 | 1 | GCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 7846 | − | 4 | 13 | 2.02e-06 | 1 | GCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 29869 | + | 9 | 18 | 2.02e-06 | 1 | GCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 564 | − | 15 | 24 | 3.83e-06 | 1 | GCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10271 | + | 2 | 11 | 3.83e-06 | 1 | GCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26424 | + | 15 | 24 | 3.83e-06 | 1 | GCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36502 | + | 27 | 36 | 3.83e-06 | 1 | GCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39433 | − | 5 | 14 | 3.83e-06 | 1 | GCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8009 | + | 26 | 35 | 4.94e-06 | 1 | GCTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22732 | − | 7 | 16 | 4.94e-06 | 1 | GCTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40840 | + | 1 | 10 | 4.94e-06 | 1 | GCTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23704 | + | 8 | 17 | 5.85e-06 | 1 | GCTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25982 | − | 8 | 17 | 5.85e-06 | 1 | GCTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1171 | − | 25 | 34 | 6.76e-06 | 1 | CCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30079 | + | 7 | 16 | 6.76e-06 | 1 | CCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 3073 | + | 16 | 25 | 7.86e-06 | 1 | CCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 4416 | − | 3 | 12 | 7.86e-06 | 1 | CCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28768 | − | 28 | 37 | 7.86e-06 | 1 | CCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 583 | + | 10 | 19 | 9.68e-06 | 1 | CCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18418 | − | 24 | 33 | 9.68e-06 | 1 | CCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25763 | + | 11 | 20 | 9.68e-06 | 1 | CCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 29772 | − | 3 | 12 | 9.68e-06 | 1 | CCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36539 | − | 28 | 37 | 9.68e-06 | 1 | CCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 19579 | + | 13 | 22 | 1.08e-05 | 1 | CCTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36068 | − | 6 | 15 | 1.08e-05 | 1 | CCTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 9806 | − | 23 | 32 | 1.28e-05 | 1 | GCTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 13271 | + | 23 | 32 | 1.28e-05 | 1 | GCTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34857 | + | 3 | 12 | 1.28e-05 | 1 | GGTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40671 | − | 10 | 19 | 1.28e-05 | 1 | GGTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 817 | + | 14 | 23 | 1.48e-05 | 1 | GGTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1222 | − | 10 | 19 | 1.48e-05 | 1 | CCTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33936 | + | 22 | 31 | 1.48e-05 | 1 | CCTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39751 | − | 12 | 21 | 1.48e-05 | 1 | GGTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2398 | + | 28 | 37 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 3207 | − | 18 | 27 | 1.77e-05 | 1 | GCTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17295 | + | 20 | 29 | 1.77e-05 | 1 | GCTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22890 | − | 1 | 10 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27343 | − | 25 | 34 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 32094 | + | 28 | 37 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33327 | + | 5 | 14 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36950 | − | 26 | 35 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39657 | + | 28 | 37 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41901 | − | 20 | 29 | 1.77e-05 | 1 | GGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 666 | − | 16 | 25 | 1.88e-05 | 1 | GGTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 32241 | + | 5 | 14 | 1.88e-05 | 1 | GGTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 20195 | + | 17 | 26 | 2.09e-05 | 1 | GGTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25643 | − | 22 | 31 | 2.09e-05 | 1 | GTTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38634 | + | 11 | 20 | 2.09e-05 | 1 | GTTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41678 | − | 11 | 20 | 2.09e-05 | 1 | GGTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 20921 | + | 2 | 11 | 2.42e-05 | 1 | CGTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25452 | + | 6 | 15 | 2.42e-05 | 1 | CCTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 32137 | + | 27 | 36 | 2.42e-05 | 1 | CGTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33956 | − | 14 | 23 | 2.42e-05 | 1 | CCTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35292 | − | 6 | 15 | 2.42e-05 | 1 | GTTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 37655 | + | 3 | 12 | 2.42e-05 | 1 | GTTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38380 | − | 13 | 22 | 2.42e-05 | 1 | CGTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17709 | + | 20 | 29 | 2.53e-05 | 1 | CGTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25379 | − | 14 | 23 | 2.53e-05 | 1 | CGTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6098 | + | 3 | 12 | 2.75e-05 | 1 | GTTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8923 | + | 22 | 31 | 2.75e-05 | 1 | GTTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 12279 | − | 15 | 24 | 2.75e-05 | 1 | GTTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31195 | + | 28 | 37 | 2.75e-05 | 1 | GTTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41106 | − | 21 | 30 | 2.75e-05 | 1 | GTTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2509 | + | 13 | 22 | 3.18e-05 | 1 | CCTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 7688 | − | 18 | 27 | 3.18e-05 | 1 | CGTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 9110 | − | 20 | 29 | 3.18e-05 | 1 | GTTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 12700 | − | 2 | 11 | 3.18e-05 | 1 | CCTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 13095 | + | 27 | 36 | 3.18e-05 | 1 | CGTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 13366 | + | 12 | 21 | 3.18e-05 | 1 | CGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 16528 | + | 2 | 11 | 3.18e-05 | 1 | CGTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24710 | − | 13 | 22 | 3.18e-05 | 1 | CGTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30153 | + | 17 | 26 | 3.18e-05 | 1 | GTTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41037 | − | 27 | 36 | 3.18e-05 | 1 | CCTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2368 | − | 4 | 13 | 3.4e-05 | 1 | GATAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27358 | − | 5 | 14 | 3.4e-05 | 1 | CGTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28441 | + | 22 | 31 | 3.4e-05 | 1 | CGTAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36671 | + | 12 | 21 | 3.4e-05 | 1 | GATAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5652 | − | 10 | 19 | 3.98e-05 | 1 | GGTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10388 | + | 18 | 27 | 3.98e-05 | 1 | GCTAATTAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10388 | − | 18 | 27 | 3.98e-05 | 1 | GCTAATTAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 12583 | + | 7 | 16 | 3.98e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 15427 | − | 11 | 20 | 3.98e-05 | 1 | GATAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18617 | + | 23 | 32 | 3.98e-05 | 1 | GCTAATTGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18834 | + | 10 | 19 | 3.98e-05 | 1 | GATAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 19168 | + | 28 | 37 | 3.98e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 21400 | − | 24 | 33 | 3.98e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22847 | + | 3 | 12 | 3.98e-05 | 1 | GGTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23506 | − | 24 | 33 | 3.98e-05 | 1 | GCTAATTGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 752 | − | 3 | 12 | 4.56e-05 | 1 | CGTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5028 | − | 13 | 22 | 4.56e-05 | 1 | GCTAATTGAT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6609 | − | 2 | 11 | 4.56e-05 | 1 | TCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6774 | − | 25 | 34 | 4.56e-05 | 1 | CTTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 11813 | + | 1 | 10 | 4.56e-05 | 1 | GCTAATTGAT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14565 | − | 28 | 37 | 4.56e-05 | 1 | CTTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17437 | + | 12 | 21 | 4.56e-05 | 1 | TCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 19395 | − | 27 | 36 | 4.56e-05 | 1 | TCTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24608 | + | 29 | 38 | 4.56e-05 | 1 | GCTAATTAGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26974 | − | 12 | 21 | 4.56e-05 | 1 | GCTAATTAGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27729 | − | 28 | 37 | 4.56e-05 | 1 | CGTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34795 | + | 8 | 17 | 4.56e-05 | 1 | CGTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35421 | + | 11 | 20 | 4.56e-05 | 1 | CTTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35822 | + | 24 | 33 | 4.56e-05 | 1 | GCTAATTAGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40445 | + | 26 | 35 | 4.56e-05 | 1 | GCTAATTGAT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 9391 | + | 6 | 15 | 5.24e-05 | 1 | TCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10097 | − | 6 | 15 | 5.24e-05 | 1 | CTTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14809 | − | 3 | 12 | 5.24e-05 | 1 | GCTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 16903 | + | 26 | 35 | 5.24e-05 | 1 | GATAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17493 | − | 22 | 31 | 5.24e-05 | 1 | GATAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17747 | − | 12 | 21 | 5.24e-05 | 1 | GCTAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 20584 | + | 23 | 32 | 5.24e-05 | 1 | GATAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23378 | + | 8 | 17 | 5.24e-05 | 1 | CTTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28444 | + | 9 | 18 | 5.24e-05 | 1 | GCTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28628 | + | 6 | 15 | 5.24e-05 | 1 | GCTAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28692 | + | 30 | 39 | 5.24e-05 | 1 | GCTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 29652 | − | 26 | 35 | 5.24e-05 | 1 | TCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31738 | − | 8 | 17 | 5.24e-05 | 1 | GATAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34501 | − | 1 | 10 | 5.24e-05 | 1 | TCTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34643 | + | 1 | 10 | 5.24e-05 | 1 | GATAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38256 | + | 30 | 39 | 5.24e-05 | 1 | GCTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 176 | − | 23 | 32 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTAGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6080 | + | 7 | 16 | 6.04e-05 | 1 | GGTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8918 | + | 19 | 28 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 9493 | − | 15 | 24 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 21905 | + | 10 | 19 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTGTT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22088 | − | 17 | 26 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24077 | − | 23 | 32 | 6.04e-05 | 1 | GATAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25530 | − | 8 | 17 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTAGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26692 | − | 6 | 15 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33994 | − | 16 | 25 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTGTT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34346 | − | 18 | 27 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35492 | − | 23 | 32 | 6.04e-05 | 1 | GGTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36304 | + | 17 | 26 | 6.04e-05 | 1 | GCTAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40887 | + | 23 | 32 | 6.04e-05 | 1 | GATAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8917 | − | 16 | 25 | 6.62e-05 | 1 | TCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 13809 | + | 13 | 22 | 6.62e-05 | 1 | GCTAATTACT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18244 | + | 3 | 12 | 6.62e-05 | 1 | TCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23157 | − | 28 | 37 | 6.62e-05 | 1 | CTTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23448 | − | 13 | 22 | 6.62e-05 | 1 | CTTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24062 | − | 10 | 19 | 6.62e-05 | 1 | TCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25756 | − | 3 | 12 | 6.62e-05 | 1 | CTTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25778 | + | 28 | 37 | 6.62e-05 | 1 | TCTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28811 | + | 16 | 25 | 6.62e-05 | 1 | CTTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36634 | + | 10 | 19 | 6.62e-05 | 1 | TCTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38518 | − | 24 | 33 | 6.62e-05 | 1 | GCTAATTACT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39989 | + | 7 | 16 | 6.62e-05 | 1 | CTTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6 | − | 28 | 37 | 7.26e-05 | 1 | CTTAATTGCT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1474 | − | 1 | 10 | 7.26e-05 | 1 | TCTAATTGCT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 4084 | + | 2 | 11 | 7.26e-05 | 1 | TCTAATTGCT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 32971 | + | 24 | 33 | 7.26e-05 | 1 | GCTAATCGGG |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14416 | − | 12 | 21 | 7.82e-05 | 1 | ACTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14785 | − | 17 | 26 | 7.82e-05 | 1 | CATAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17806 | + | 7 | 16 | 7.82e-05 | 1 | ACTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 21611 | + | 11 | 20 | 7.82e-05 | 1 | CATAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25055 | + | 11 | 20 | 7.82e-05 | 1 | GCTAATCGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25772 | − | 15 | 24 | 7.82e-05 | 1 | GTTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26962 | − | 29 | 38 | 7.82e-05 | 1 | ACTAATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28341 | + | 5 | 14 | 7.82e-05 | 1 | GTTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33297 | − | 23 | 32 | 7.82e-05 | 1 | GCTAATTACG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36256 | − | 22 | 31 | 7.82e-05 | 1 | GCTAATCGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41907 | + | 6 | 15 | 7.82e-05 | 1 | GCTAATTACG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 176 | + | 23 | 32 | 8.64e-05 | 1 | CCTAATTAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2538 | − | 29 | 38 | 8.64e-05 | 1 | ACTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5936 | + | 13 | 22 | 8.64e-05 | 1 | CCTAATTGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 12983 | − | 22 | 31 | 8.64e-05 | 1 | TCTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 13330 | − | 21 | 30 | 8.64e-05 | 1 | CCTAATTGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14324 | + | 4 | 13 | 8.64e-05 | 1 | CATAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 15822 | + | 16 | 25 | 8.64e-05 | 1 | CTTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 17931 | + | 29 | 38 | 8.64e-05 | 1 | CATAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 21495 | − | 13 | 22 | 8.64e-05 | 1 | ACTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 21680 | − | 17 | 26 | 8.64e-05 | 1 | CGTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25530 | + | 8 | 17 | 8.64e-05 | 1 | CCTAATTAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26776 | + | 16 | 25 | 8.64e-05 | 1 | ACTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33564 | + | 16 | 25 | 8.64e-05 | 1 | CGTAATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34142 | − | 20 | 29 | 8.64e-05 | 1 | CTTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36531 | − | 6 | 15 | 8.64e-05 | 1 | CATAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39515 | + | 29 | 38 | 8.64e-05 | 1 | ACTAATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41613 | + | 10 | 19 | 8.64e-05 | 1 | TCTAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2306 | − | 15 | 24 | 8.98e-05 | 1 | GCTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5795 | + | 27 | 36 | 8.98e-05 | 1 | GCTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8267 | + | 26 | 35 | 8.98e-05 | 1 | CCTAATTGAT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10528 | + | 1 | 10 | 8.98e-05 | 1 | CCTAATTGAT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 16442 | − | 6 | 15 | 8.98e-05 | 1 | CCTAATTAGT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 32165 | + | 2 | 11 | 8.98e-05 | 1 | GCTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39322 | − | 13 | 22 | 8.98e-05 | 1 | CCTAATTGAT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10790 | − | 22 | 31 | 9.82e-05 | 1 | GCTAATGGGC |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25620 | − | 29 | 38 | 9.82e-05 | 1 | ACTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26204 | + | 3 | 12 | 9.82e-05 | 1 | CATAATTGCC |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27395 | + | 7 | 16 | 9.82e-05 | 1 | ACTAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27504 | − | 14 | 23 | 9.82e-05 | 1 | CCTAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30421 | + | 6 | 15 | 9.82e-05 | 1 | GTTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31770 | − | 29 | 38 | 9.82e-05 | 1 | ACTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36490 | + | 21 | 30 | 9.82e-05 | 1 | ACTAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36881 | + | 2 | 11 | 9.82e-05 | 1 | GCTAATGGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 37873 | − | 14 | 23 | 9.82e-05 | 1 | CATAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38840 | + | 27 | 36 | 9.82e-05 | 1 | GCTAATGGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39816 | − | 28 | 37 | 9.82e-05 | 1 | CCTAATTGTC |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27196 | + | 27 | 36 | 0.000108 | 1 | CATAATTGCT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35575 | + | 23 | 32 | 0.000108 | 1 | CCTAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38285 | + | 2 | 11 | 0.000108 | 1 | CATAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5675 | − | 9 | 18 | 0.000111 | 1 | CCTAATTACT |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40821 | + | 10 | 19 | 0.000111 | 1 | GATAATTGGA |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 21690 | + | 13 | 22 | 0.000122 | 1 | GGTAATTGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22173 | − | 25 | 34 | 0.000122 | 1 | ACTAATTGCG |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24937 | + | 26 | 35 | 0.000122 | 1 | GCTAATTGAA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31506 | − | 13 | 22 | 0.000122 | 1 | GCTAATTGAA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33860 | + | 28 | 37 | 0.000122 | 1 | CATAATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34686 | − | 6 | 15 | 0.000122 | 1 | GCTAATGGGG |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34984 | − | 2 | 11 | 0.000122 | 1 | GGTAATTGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35369 | + | 9 | 18 | 0.000122 | 1 | GCTAATGGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 38369 | + | 21 | 30 | 0.000122 | 1 | GCTAATTAGA |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40977 | + | 21 | 30 | 0.000122 | 1 | CCTAATCGGG |
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| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 19013 | + | 11 | 20 | 0.000442 | 1 | CCTAATTAAT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 19085 | + | 29 | 38 | 0.000442 | 1 | GCTCATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24369 | − | 18 | 27 | 0.000442 | 1 | AATAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 24870 | + | 4 | 13 | 0.000442 | 1 | ACTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25103 | + | 30 | 39 | 0.000442 | 1 | ACTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25249 | + | 17 | 26 | 0.000442 | 1 | GCAAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26397 | + | 12 | 21 | 0.000442 | 1 | GCTCATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27483 | + | 15 | 24 | 0.000442 | 1 | GCAAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27794 | − | 2 | 11 | 0.000442 | 1 | CGTAATGGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27847 | − | 12 | 21 | 0.000442 | 1 | GTTAATCGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27982 | + | 30 | 39 | 0.000442 | 1 | CATAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30392 | − | 25 | 34 | 0.000442 | 1 | GCAAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30481 | + | 11 | 20 | 0.000442 | 1 | AATAATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30832 | + | 18 | 27 | 0.000442 | 1 | AATAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 30947 | + | 28 | 37 | 0.000442 | 1 | GGTGATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31438 | − | 27 | 36 | 0.000442 | 1 | CGTAATGGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31534 | − | 13 | 22 | 0.000442 | 1 | GCTAATCACG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33324 | − | 11 | 20 | 0.000442 | 1 | ACTAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34010 | + | 30 | 39 | 0.000442 | 1 | ACTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34075 | + | 25 | 34 | 0.000442 | 1 | CATAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34273 | + | 23 | 32 | 0.000442 | 1 | CGTAATGGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34363 | − | 3 | 12 | 0.000442 | 1 | CATAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34478 | + | 26 | 35 | 0.000442 | 1 | GCTAATTTCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 34736 | + | 3 | 12 | 0.000442 | 1 | GTTAATTGTA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 35721 | + | 19 | 28 | 0.000442 | 1 | GTTAATCGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36020 | + | 19 | 28 | 0.000442 | 1 | ACTAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36082 | + | 29 | 38 | 0.000442 | 1 | GCTAATAGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36406 | + | 10 | 19 | 0.000442 | 1 | CATAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 37477 | − | 9 | 18 | 0.000442 | 1 | GCTAATTTCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39049 | − | 28 | 37 | 0.000442 | 1 | CATAATCGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 39282 | + | 30 | 39 | 0.000442 | 1 | CATAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40407 | − | 21 | 30 | 0.000442 | 1 | AATAATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40688 | − | 8 | 17 | 0.000442 | 1 | ACTAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40689 | − | 19 | 28 | 0.000442 | 1 | CATAATTGTC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40730 | + | 5 | 14 | 0.000442 | 1 | GGTGATTGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40809 | + | 13 | 22 | 0.000442 | 1 | GATAATGGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 40812 | + | 28 | 37 | 0.000442 | 1 | GCTAATCACG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41365 | + | 11 | 20 | 0.000442 | 1 | GTTGATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 41699 | − | 7 | 16 | 0.000442 | 1 | GATAATGGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1404 | + | 16 | 25 | 0.00048 | 1 | GCTTATTGCC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1566 | − | 24 | 33 | 0.00048 | 1 | ACTAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1661 | − | 23 | 32 | 0.00048 | 1 | CATAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 1934 | + | 18 | 27 | 0.00048 | 1 | CGTGATTGGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2149 | + | 10 | 19 | 0.00048 | 1 | GTTAATTACA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2372 | − | 4 | 13 | 0.00048 | 1 | AATAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2497 | − | 25 | 34 | 0.00048 | 1 | ACTAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2706 | − | 12 | 21 | 0.00048 | 1 | GTTAATGGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2752 | + | 13 | 22 | 0.00048 | 1 | CGTAATTGTA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2772 | − | 27 | 36 | 0.00048 | 1 | CATAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 2818 | + | 28 | 37 | 0.00048 | 1 | GTTAATGGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5794 | + | 28 | 37 | 0.00048 | 1 | CATAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5884 | − | 13 | 22 | 0.00048 | 1 | CGTAATCGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 5893 | − | 28 | 37 | 0.00048 | 1 | CATAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6130 | − | 14 | 23 | 0.00048 | 1 | GTTGATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6465 | + | 3 | 12 | 0.00048 | 1 | GTTAATGGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 6791 | + | 26 | 35 | 0.00048 | 1 | GCTAATGAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 7437 | + | 17 | 26 | 0.00048 | 1 | AGTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 7930 | − | 27 | 36 | 0.00048 | 1 | CGTAATTGTA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8402 | + | 24 | 33 | 0.00048 | 1 | CCTGATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 8494 | + | 21 | 30 | 0.00048 | 1 | CATAATTAGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 9429 | − | 8 | 17 | 0.00048 | 1 | AGTAATTGCA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 9832 | + | 4 | 13 | 0.00048 | 1 | CCTAATCGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 10219 | − | 24 | 33 | 0.00048 | 1 | GCTTATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 11992 | + | 15 | 24 | 0.00048 | 1 | GCTAATTCGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 13659 | − | 19 | 28 | 0.00048 | 1 | GCTAATGAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14488 | + | 8 | 17 | 0.00048 | 1 | TCTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 14680 | + | 10 | 19 | 0.00048 | 1 | CCTAATCAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 15321 | + | 3 | 12 | 0.00048 | 1 | GCAAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 15324 | + | 9 | 18 | 0.00048 | 1 | GCTTATTGGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 15952 | − | 2 | 11 | 0.00048 | 1 | CGTAATTGTA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 16308 | − | 28 | 37 | 0.00048 | 1 | CTTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 16329 | − | 2 | 11 | 0.00048 | 1 | CATAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 16442 | + | 6 | 15 | 0.00048 | 1 | ACTAATTAGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18045 | + | 12 | 21 | 0.00048 | 1 | ACTAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18372 | + | 24 | 33 | 0.00048 | 1 | CGTAATCGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18682 | + | 29 | 38 | 0.00048 | 1 | GATAATGGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 18929 | + | 2 | 11 | 0.00048 | 1 | GGTAATGGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 19484 | + | 22 | 31 | 0.00048 | 1 | CATAATTAGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 20300 | + | 27 | 36 | 0.00048 | 1 | GGTAATGGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 20393 | − | 16 | 25 | 0.00048 | 1 | ACTAATTGTT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 20828 | + | 1 | 10 | 0.00048 | 1 | GCTAATGAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22330 | + | 22 | 31 | 0.00048 | 1 | CCTAATTTGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22520 | + | 3 | 12 | 0.00048 | 1 | CATAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 22903 | − | 5 | 14 | 0.00048 | 1 | ACTAATTAGG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23274 | − | 17 | 26 | 0.00048 | 1 | TCTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23302 | − | 17 | 26 | 0.00048 | 1 | CCTAATCAGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23778 | − | 11 | 20 | 0.00048 | 1 | CCTAATCGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 23887 | − | 16 | 25 | 0.00048 | 1 | GTTAATTACA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25102 | + | 6 | 15 | 0.00048 | 1 | AATAATTGCT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 25429 | − | 9 | 18 | 0.00048 | 1 | CTTAATCGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26295 | − | 6 | 15 | 0.00048 | 1 | GCTAATGGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26428 | − | 15 | 24 | 0.00048 | 1 | GATAATGGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26447 | + | 14 | 23 | 0.00048 | 1 | CCTAATTTGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 26918 | + | 11 | 20 | 0.00048 | 1 | GCTAATGGAC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27446 | + | 28 | 37 | 0.00048 | 1 | GTTAATGGCG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 27781 | − | 11 | 20 | 0.00048 | 1 | CCTGATTGGA |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 28898 | − | 16 | 25 | 0.00048 | 1 | GCTAATTCGC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 29158 | + | 22 | 31 | 0.00048 | 1 | ACTAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 29225 | + | 5 | 14 | 0.00048 | 1 | ACTAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 29616 | + | 14 | 23 | 0.00048 | 1 | CCTAATTATC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31322 | + | 24 | 33 | 0.00048 | 1 | GTTGATTGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 31958 | − | 9 | 18 | 0.00048 | 1 | ACTAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 32298 | − | 28 | 37 | 0.00048 | 1 | CATAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 33221 | + | 19 | 28 | 0.00048 | 1 | CATAATTACC |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36225 | + | 29 | 38 | 0.00048 | 1 | CATAATCGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 36387 | − | 15 | 24 | 0.00048 | 1 | CATAATTGAG |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 37023 | + | 19 | 28 | 0.00048 | 1 | GATAATGGGT |
| Gbx2_3110.1.bml.pwm | 37457 | + | 25 | 34 | 0.00048 | 1 | ACTAATTGTT |
Command line:
/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/shuffled -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/uniprobes.shuffled.fasta
Settings:
| output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/shuffled | MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/pwm.fimo | sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssb8mqqm25uatoqogumhsa33m55v48ov5d4qus2p8l610tnp21l80/uniprobes.shuffled.fasta |
| allow clobber = true | compute q-values = true | text only = false |
| scan both strands = true | max sequence length = 250000000 | output threshold = 0.001 |
| threshold type = p-value | max stored scores = 100000 | pseudocount = 0.1 |
| verbosity = 2 |
This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.