| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information |
FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)
For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
DATABASE
/srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssflse7kbdghtv07p1c10u3ravqb49v7np46sqbs1el01a8kf21ha0/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains
41868
sequences,
2512080
residues
MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssflse7kbdghtv07p1c10u3ravqb49v7np46sqbs1el01a8kf21ha0/pwm.fimo (nucleotide)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 10 | TTTTATGAGC |
Random model letter frequencies
(from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275
| Motif | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 2239 | + | 25 | 34 | 2.45e-06 | 1 | TTTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 13358 | − | 17 | 26 | 2.45e-06 | 1 | TTTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 33782 | + | 4 | 13 | 2.45e-06 | 1 | TTTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 34709 | − | 18 | 27 | 2.45e-06 | 1 | TTTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 5977 | − | 13 | 22 | 4.47e-06 | 1 | TTTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 17872 | − | 22 | 31 | 4.47e-06 | 1 | TTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 28190 | + | 15 | 24 | 4.47e-06 | 1 | TTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31521 | + | 14 | 23 | 4.47e-06 | 1 | TTTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3048 | − | 4 | 13 | 6.92e-06 | 1 | TTTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 15037 | − | 13 | 22 | 6.92e-06 | 1 | TTTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 25887 | + | 9 | 18 | 6.92e-06 | 1 | TTTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 34369 | − | 10 | 19 | 6.92e-06 | 1 | TTTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 491 | + | 21 | 30 | 8.94e-06 | 1 | TTTTACGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 2555 | − | 11 | 20 | 8.94e-06 | 1 | TTTTACGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 27257 | − | 12 | 21 | 8.94e-06 | 1 | TTTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 41849 | + | 24 | 33 | 8.94e-06 | 1 | TTTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 10066 | − | 23 | 32 | 1.1e-05 | 1 | GTTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 29016 | + | 14 | 23 | 1.1e-05 | 1 | GTTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 34267 | + | 25 | 34 | 1.1e-05 | 1 | GTTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 36678 | − | 18 | 27 | 1.1e-05 | 1 | GTTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 229 | − | 16 | 25 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 1282 | + | 13 | 22 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATTGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 8442 | + | 19 | 28 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATGAGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 30978 | − | 12 | 21 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATGAGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31794 | + | 10 | 19 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATGGGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 32638 | − | 6 | 15 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATGGGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 33523 | − | 4 | 13 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATTGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 39053 | + | 20 | 29 | 1.69e-05 | 1 | TTTTATTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 1048 | + | 23 | 32 | 2.24e-05 | 1 | ATTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 2430 | + | 18 | 27 | 2.24e-05 | 1 | TTTTATGAGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3964 | − | 27 | 36 | 2.24e-05 | 1 | TTTTATGAGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 6202 | + | 27 | 36 | 2.24e-05 | 1 | ATTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 9203 | − | 2 | 11 | 2.24e-05 | 1 | TTTTATGAGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11117 | − | 15 | 24 | 2.24e-05 | 1 | ATTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 13357 | + | 29 | 38 | 2.24e-05 | 1 | TTTTATGAGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 17527 | − | 13 | 22 | 2.24e-05 | 1 | TTTTATGGGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 19393 | + | 23 | 32 | 2.24e-05 | 1 | TTTTATGGGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 23606 | − | 5 | 14 | 2.24e-05 | 1 | ATTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 32417 | + | 2 | 11 | 2.24e-05 | 1 | ATTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 21829 | + | 8 | 17 | 2.4e-05 | 1 | GTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 36653 | − | 3 | 12 | 2.4e-05 | 1 | GTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 40151 | + | 13 | 22 | 2.4e-05 | 1 | GTTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 40606 | − | 20 | 29 | 2.4e-05 | 1 | GTTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 289 | + | 15 | 24 | 3.09e-05 | 1 | GTTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 1799 | + | 9 | 18 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACGGGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3717 | + | 9 | 18 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 9812 | − | 18 | 27 | 3.09e-05 | 1 | GTTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 10818 | + | 20 | 29 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACGAGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11826 | − | 27 | 36 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 13482 | + | 12 | 21 | 3.09e-05 | 1 | GTTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 16990 | − | 25 | 34 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACGGGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 27472 | − | 11 | 20 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACTGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31388 | − | 17 | 26 | 3.09e-05 | 1 | GTTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 33409 | + | 8 | 17 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACTGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 35365 | − | 16 | 25 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACGAGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 41492 | − | 2 | 11 | 3.09e-05 | 1 | TTTTACTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 461 | + | 21 | 30 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATGGCC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 604 | − | 7 | 16 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATGGCC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 1383 | − | 11 | 20 | 4.09e-05 | 1 | TTTTACGGGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3040 | − | 3 | 12 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATGACC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3770 | + | 16 | 25 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATGACC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 4520 | + | 7 | 16 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATTGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 4987 | − | 21 | 30 | 4.09e-05 | 1 | TTTTACGAGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11195 | + | 24 | 33 | 4.09e-05 | 1 | TTTTACGAGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11245 | − | 7 | 16 | 4.09e-05 | 1 | ATTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 14429 | − | 16 | 25 | 4.09e-05 | 1 | ATTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 18021 | + | 24 | 33 | 4.09e-05 | 1 | ATTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 22723 | − | 2 | 11 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATTGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 29740 | − | 27 | 36 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATTGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31354 | + | 5 | 14 | 4.09e-05 | 1 | TTTTACGGGT |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 39249 | + | 18 | 27 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATTAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 40204 | + | 18 | 27 | 4.09e-05 | 1 | ATTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 41446 | − | 23 | 32 | 4.09e-05 | 1 | TTTTATTAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 5593 | − | 23 | 32 | 4.33e-05 | 1 | ATTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 23278 | + | 12 | 21 | 4.33e-05 | 1 | ATTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 37184 | − | 6 | 15 | 4.33e-05 | 1 | ATTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 38525 | + | 4 | 13 | 4.33e-05 | 1 | ATTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 4411 | + | 14 | 23 | 4.8e-05 | 1 | TTTTATAAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 6244 | − | 21 | 30 | 4.8e-05 | 1 | GTTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11439 | − | 5 | 14 | 4.8e-05 | 1 | GTTTACGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 27520 | − | 8 | 17 | 4.8e-05 | 1 | TTTTATAGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 28997 | − | 11 | 20 | 4.8e-05 | 1 | GTTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 36130 | + | 17 | 26 | 4.8e-05 | 1 | TTTTATAGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 38195 | + | 23 | 32 | 4.8e-05 | 1 | GTTTACGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 40575 | − | 25 | 34 | 4.8e-05 | 1 | TTTTATAAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 8477 | + | 5 | 14 | 5.44e-05 | 1 | CTTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 9792 | + | 13 | 22 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACGGCC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 14517 | + | 19 | 28 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACTGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 16720 | + | 16 | 25 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACTAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 16910 | − | 25 | 34 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACGACC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 27997 | − | 6 | 15 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACGGCC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 28881 | + | 13 | 22 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACTAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 29036 | − | 9 | 18 | 5.44e-05 | 1 | CTTTATGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 35313 | + | 20 | 29 | 5.44e-05 | 1 | CTTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 36278 | − | 13 | 22 | 5.44e-05 | 1 | CTTTATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 38876 | + | 22 | 31 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACGACC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 40497 | − | 5 | 14 | 5.44e-05 | 1 | TTTTACTGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3260 | − | 22 | 31 | 5.89e-05 | 1 | ATTTACGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3631 | + | 2 | 11 | 5.89e-05 | 1 | ATTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 4057 | − | 10 | 19 | 5.89e-05 | 1 | ATTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 4489 | − | 20 | 29 | 5.89e-05 | 1 | TTTTATGGCG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 6278 | + | 26 | 35 | 5.89e-05 | 1 | TTTTATGACG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 13361 | + | 28 | 37 | 5.89e-05 | 1 | TTTTATGGCG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 13758 | + | 27 | 36 | 5.89e-05 | 1 | ATTTACGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 18882 | − | 3 | 12 | 5.89e-05 | 1 | TTTTATGACG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 20726 | + | 3 | 12 | 5.89e-05 | 1 | TTTTATGGCG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 34654 | + | 12 | 21 | 5.89e-05 | 1 | ATTTACGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 38821 | + | 1 | 10 | 5.89e-05 | 1 | TTTTATGACG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11065 | + | 8 | 17 | 6.14e-05 | 1 | TTTTACAGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 15069 | − | 1 | 10 | 6.14e-05 | 1 | TTTTACAAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 20834 | + | 17 | 26 | 6.14e-05 | 1 | TTTTACAAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 32443 | − | 21 | 30 | 6.14e-05 | 1 | TTTTACAGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 34904 | − | 26 | 35 | 6.14e-05 | 1 | TTTTACAAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 394 | + | 16 | 25 | 6.6e-05 | 1 | TTTTATAAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 1364 | − | 4 | 13 | 6.6e-05 | 1 | TTTTATAGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 3286 | + | 5 | 14 | 6.6e-05 | 1 | CTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 8046 | − | 28 | 37 | 6.6e-05 | 1 | CTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 23811 | + | 6 | 15 | 6.6e-05 | 1 | TTTTATAGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 28089 | − | 26 | 35 | 6.6e-05 | 1 | CTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 32153 | + | 18 | 27 | 6.6e-05 | 1 | CTTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 36164 | − | 1 | 10 | 6.6e-05 | 1 | CTTTACGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 38993 | − | 12 | 21 | 6.6e-05 | 1 | CTTTACGAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 41320 | − | 10 | 19 | 6.6e-05 | 1 | TTTTATAAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 7150 | − | 11 | 20 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATGAGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 9172 | + | 6 | 15 | 7.74e-05 | 1 | CTTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 11113 | + | 22 | 31 | 7.74e-05 | 1 | TTTAATGGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 14953 | + | 28 | 37 | 7.74e-05 | 1 | TTTTACGACG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 15926 | − | 11 | 20 | 7.74e-05 | 1 | CTTTATGGGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 16318 | − | 20 | 29 | 7.74e-05 | 1 | TTTTACGACG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 20127 | − | 4 | 13 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATGGGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 22089 | − | 1 | 10 | 7.74e-05 | 1 | CTTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 22095 | + | 5 | 14 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATGGGA |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 27302 | − | 7 | 16 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATTGGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 29262 | + | 7 | 16 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 29532 | + | 23 | 32 | 7.74e-05 | 1 | TTTTACGGCG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 29604 | − | 26 | 35 | 7.74e-05 | 1 | CTTTATGAGG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31481 | − | 8 | 17 | 7.74e-05 | 1 | TTTTACGGCG |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31719 | − | 10 | 19 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATTAGC |
| Hoxa13_3126.1.bml.pwm | 31723 | + | 8 | 17 | 7.74e-05 | 1 | GTTTATTGGC |
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| output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssflse7kbdghtv07p1c10u3ravqb49v7np46sqbs1el01a8kf21ha0/shuffled | MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssflse7kbdghtv07p1c10u3ravqb49v7np46sqbs1el01a8kf21ha0/pwm.fimo | sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssflse7kbdghtv07p1c10u3ravqb49v7np46sqbs1el01a8kf21ha0/uniprobes.shuffled.fasta |
| allow clobber = true | compute q-values = true | text only = false |
| scan both strands = true | max sequence length = 250000000 | output threshold = 0.001 |
| threshold type = p-value | max stored scores = 100000 | pseudocount = 0.1 |
| verbosity = 2 |
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