| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information |
FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)
For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
DATABASE
/srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains
41840
sequences,
2510400
residues
MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/pwm.fimo (nucleotide)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 10 | GTTAATTACT |
Random model letter frequencies
(from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275
| Motif | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 567 | − | 21 | 30 | 1.65e-06 | 1 | GCTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6483 | − | 6 | 15 | 1.65e-06 | 1 | GTTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11086 | + | 25 | 34 | 1.65e-06 | 1 | GCTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 23771 | + | 7 | 16 | 1.65e-06 | 1 | GTTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 155 | − | 16 | 25 | 5.32e-06 | 1 | CTTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 962 | + | 7 | 16 | 5.32e-06 | 1 | GTTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5072 | − | 22 | 31 | 5.32e-06 | 1 | GTTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13192 | − | 1 | 10 | 5.32e-06 | 1 | GCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 14953 | + | 8 | 17 | 5.32e-06 | 1 | CCTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 17870 | − | 5 | 14 | 5.32e-06 | 1 | GCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31171 | − | 25 | 34 | 5.32e-06 | 1 | CCTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35267 | − | 26 | 35 | 5.32e-06 | 1 | GCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35594 | + | 13 | 22 | 5.32e-06 | 1 | CTTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20058 | + | 10 | 19 | 6.98e-06 | 1 | GTTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 21787 | − | 22 | 31 | 6.98e-06 | 1 | GCTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 22376 | + | 2 | 11 | 6.98e-06 | 1 | GCTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 39533 | − | 12 | 21 | 6.98e-06 | 1 | GTTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 40421 | + | 27 | 36 | 6.98e-06 | 1 | GCTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 9387 | + | 3 | 12 | 8.99e-06 | 1 | GTTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 21616 | − | 21 | 30 | 8.99e-06 | 1 | GTTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29790 | + | 15 | 24 | 8.99e-06 | 1 | GCTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31163 | − | 5 | 14 | 8.99e-06 | 1 | GCTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 3283 | − | 13 | 22 | 1.1e-05 | 1 | GTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 10990 | − | 25 | 34 | 1.1e-05 | 1 | GCTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 30018 | + | 3 | 12 | 1.1e-05 | 1 | GTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 38194 | + | 15 | 24 | 1.1e-05 | 1 | GCTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 16699 | + | 28 | 37 | 1.27e-05 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 17913 | + | 3 | 12 | 1.27e-05 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 24980 | + | 28 | 37 | 1.27e-05 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26444 | + | 13 | 22 | 1.27e-05 | 1 | GCTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 28508 | − | 15 | 24 | 1.27e-05 | 1 | GCTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35350 | − | 12 | 21 | 1.27e-05 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6485 | − | 26 | 35 | 1.47e-05 | 1 | CCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13038 | − | 16 | 25 | 1.47e-05 | 1 | CTTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15039 | − | 1 | 10 | 1.47e-05 | 1 | CCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31096 | + | 19 | 28 | 1.47e-05 | 1 | CCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 32070 | + | 5 | 14 | 1.47e-05 | 1 | CTTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 3898 | − | 3 | 12 | 1.83e-05 | 1 | GTTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13245 | − | 18 | 27 | 1.83e-05 | 1 | CCTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 17597 | + | 22 | 31 | 1.83e-05 | 1 | CCTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20617 | + | 22 | 31 | 1.83e-05 | 1 | GTTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 22066 | − | 14 | 23 | 1.83e-05 | 1 | CTTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33427 | + | 26 | 35 | 1.83e-05 | 1 | GCTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 37429 | + | 23 | 32 | 1.83e-05 | 1 | CTTAATGGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 38974 | − | 19 | 28 | 1.83e-05 | 1 | GCTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 39935 | + | 1 | 10 | 1.83e-05 | 1 | GCTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15064 | + | 4 | 13 | 2.28e-05 | 1 | GTTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 23130 | + | 16 | 25 | 2.28e-05 | 1 | CTTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 25222 | + | 19 | 28 | 2.28e-05 | 1 | GCTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 25723 | + | 11 | 20 | 2.28e-05 | 1 | CCTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26121 | − | 3 | 12 | 2.28e-05 | 1 | CCTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29456 | − | 15 | 24 | 2.28e-05 | 1 | GCTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 32158 | − | 28 | 37 | 2.28e-05 | 1 | CCTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33474 | − | 7 | 16 | 2.28e-05 | 1 | GTTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 36217 | − | 13 | 22 | 2.28e-05 | 1 | CTTAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 854 | − | 10 | 19 | 3e-05 | 1 | GGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5141 | + | 12 | 21 | 3e-05 | 1 | GCTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6409 | − | 26 | 35 | 3e-05 | 1 | CTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 10946 | + | 1 | 10 | 3e-05 | 1 | GGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13156 | − | 27 | 36 | 3e-05 | 1 | CCTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 14122 | + | 26 | 35 | 3e-05 | 1 | GGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 16601 | − | 15 | 24 | 3e-05 | 1 | GTTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20000 | + | 21 | 30 | 3e-05 | 1 | CCTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 21945 | − | 22 | 31 | 3e-05 | 1 | GTTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 27027 | + | 4 | 13 | 3e-05 | 1 | GTTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29729 | + | 11 | 20 | 3e-05 | 1 | GTTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29905 | − | 1 | 10 | 3e-05 | 1 | CTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31006 | − | 2 | 11 | 3e-05 | 1 | CCTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31619 | − | 17 | 26 | 3e-05 | 1 | GCTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33257 | + | 25 | 34 | 3e-05 | 1 | GCTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33735 | + | 5 | 14 | 3e-05 | 1 | CTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 36361 | + | 22 | 31 | 3e-05 | 1 | GCTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 1382 | + | 23 | 32 | 3.77e-05 | 1 | CTTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 4212 | + | 12 | 21 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5619 | − | 12 | 21 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGGCA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 7302 | − | 26 | 35 | 3.77e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11405 | − | 28 | 37 | 3.77e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 14862 | + | 12 | 21 | 3.77e-05 | 1 | GTTAATGGCA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15069 | − | 19 | 28 | 3.77e-05 | 1 | GTTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15191 | − | 9 | 18 | 3.77e-05 | 1 | CTTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15999 | − | 12 | 21 | 3.77e-05 | 1 | GTTAATGACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 18430 | + | 18 | 27 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGGCA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 23824 | − | 23 | 32 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26660 | − | 22 | 31 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29586 | + | 29 | 38 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31596 | − | 1 | 10 | 3.77e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31666 | + | 7 | 16 | 3.77e-05 | 1 | GTTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31839 | + | 10 | 19 | 3.77e-05 | 1 | GCTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33354 | − | 21 | 30 | 3.77e-05 | 1 | GTTAATGGCA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 38791 | + | 8 | 17 | 3.77e-05 | 1 | GTTAATGACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 40156 | + | 19 | 28 | 3.77e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 137 | + | 26 | 35 | 4.19e-05 | 1 | GCTAATTGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 7951 | + | 1 | 10 | 4.19e-05 | 1 | GCTAATTGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 10818 | − | 7 | 16 | 4.19e-05 | 1 | GCTAATTGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13694 | − | 6 | 15 | 4.19e-05 | 1 | GCTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 14589 | − | 12 | 21 | 4.19e-05 | 1 | GTTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 18853 | + | 9 | 18 | 4.19e-05 | 1 | GCTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 19190 | − | 9 | 18 | 4.19e-05 | 1 | GTTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 19699 | − | 20 | 29 | 4.19e-05 | 1 | GTTAATTGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 25634 | + | 17 | 26 | 4.19e-05 | 1 | GTTAATTGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2036 | + | 26 | 35 | 4.59e-05 | 1 | CCTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 7336 | + | 28 | 37 | 4.59e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 7998 | − | 7 | 16 | 4.59e-05 | 1 | CTTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13196 | + | 13 | 22 | 4.59e-05 | 1 | CCTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 16075 | + | 3 | 12 | 4.59e-05 | 1 | CTTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 17523 | − | 24 | 33 | 4.59e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 21400 | − | 8 | 17 | 4.59e-05 | 1 | GCTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 27816 | + | 8 | 17 | 4.59e-05 | 1 | GCTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29784 | + | 7 | 16 | 4.59e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 32086 | − | 27 | 36 | 4.59e-05 | 1 | CCTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 32816 | − | 28 | 37 | 4.59e-05 | 1 | CTTAATGAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 14563 | − | 9 | 18 | 4.83e-05 | 1 | CTTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15167 | − | 28 | 37 | 4.83e-05 | 1 | CCTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15865 | − | 3 | 12 | 4.83e-05 | 1 | CCTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 18932 | + | 24 | 33 | 4.83e-05 | 1 | CCTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 21944 | + | 11 | 20 | 4.83e-05 | 1 | CTTAATTACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2565 | − | 22 | 31 | 5.78e-05 | 1 | CTTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2915 | + | 24 | 33 | 5.78e-05 | 1 | GGTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 4760 | + | 7 | 16 | 5.78e-05 | 1 | CCTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 7769 | + | 17 | 26 | 5.78e-05 | 1 | CTTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11017 | − | 25 | 34 | 5.78e-05 | 1 | CCTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 12960 | + | 24 | 33 | 5.78e-05 | 1 | GTTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13279 | − | 12 | 21 | 5.78e-05 | 1 | GATAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 14077 | − | 28 | 37 | 5.78e-05 | 1 | CGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 18077 | − | 3 | 12 | 5.78e-05 | 1 | CGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20434 | − | 18 | 27 | 5.78e-05 | 1 | GCTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20434 | + | 18 | 27 | 5.78e-05 | 1 | GCTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 21601 | − | 11 | 20 | 5.78e-05 | 1 | GGTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 22317 | − | 28 | 37 | 5.78e-05 | 1 | CTTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 22636 | + | 21 | 30 | 5.78e-05 | 1 | CGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29290 | − | 23 | 32 | 5.78e-05 | 1 | CCTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33694 | − | 6 | 15 | 5.78e-05 | 1 | GTTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35129 | − | 25 | 34 | 5.78e-05 | 1 | CTTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35660 | + | 9 | 18 | 5.78e-05 | 1 | CCTAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 36809 | + | 11 | 20 | 5.78e-05 | 1 | GATAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 38802 | + | 11 | 20 | 5.78e-05 | 1 | CTTAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 1272 | + | 19 | 28 | 7.15e-05 | 1 | GCTAATGACA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2273 | − | 12 | 21 | 7.15e-05 | 1 | ACTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 3209 | + | 13 | 22 | 7.15e-05 | 1 | CCTAATGACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 3585 | − | 21 | 30 | 7.15e-05 | 1 | CCTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 4452 | − | 6 | 15 | 7.15e-05 | 1 | CTTAATGGCA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 4994 | + | 12 | 21 | 7.15e-05 | 1 | GGTAATGGGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31209 | + | 24 | 33 | 8.56e-05 | 1 | GCTAATGAGG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35742 | − | 15 | 24 | 9.86e-05 | 1 | GCTAATTGGG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 17942 | + | 14 | 23 | 0.000106 | 1 | CGTAATGACC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 8735 | + | 23 | 32 | 0.000116 | 1 | CGTAATGGGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 8961 | + | 1 | 10 | 0.000116 | 1 | GGTAATGAGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15562 | + | 7 | 16 | 0.000116 | 1 | CTTAATGACA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20731 | + | 29 | 38 | 0.000116 | 1 | CCTAATGAGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 23628 | − | 10 | 19 | 0.000116 | 1 | CGTAATGGGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29377 | + | 14 | 23 | 0.000116 | 1 | CCTAATGAGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31455 | + | 25 | 34 | 0.000116 | 1 | CCTAATGACA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31561 | − | 4 | 13 | 0.000116 | 1 | CCTAATGAGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 31708 | − | 8 | 17 | 0.000116 | 1 | CTTAATGAGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35746 | − | 10 | 19 | 0.000116 | 1 | ACTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 37864 | − | 23 | 32 | 0.000116 | 1 | CTTAATGACA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 40438 | + | 25 | 34 | 0.000116 | 1 | ACTAATGACC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5961 | + | 19 | 28 | 0.000135 | 1 | GCTAATGAGA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6029 | + | 13 | 22 | 0.000135 | 1 | CCTAATGAGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6279 | + | 9 | 18 | 0.000135 | 1 | CTTAATGGGA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6297 | + | 13 | 22 | 0.000135 | 1 | CCTAATGGGA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6566 | − | 22 | 31 | 0.000135 | 1 | GATAATTGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 9427 | + | 28 | 37 | 0.000135 | 1 | CTTAATGAGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 9840 | − | 1 | 10 | 0.000135 | 1 | TCTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 12163 | + | 25 | 34 | 0.000135 | 1 | ATTAATGGGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 10769 | + | 6 | 15 | 0.000185 | 1 | CTTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11028 | − | 3 | 12 | 0.000185 | 1 | ACTAATGGCG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20153 | − | 6 | 15 | 0.000185 | 1 | TTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20424 | − | 29 | 38 | 0.000185 | 1 | ACTAATGGCG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 37027 | + | 18 | 27 | 0.000185 | 1 | TTTAATGGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 38848 | − | 14 | 23 | 0.000185 | 1 | ATTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 40817 | + | 4 | 13 | 0.000185 | 1 | GTTAATGATC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 41064 | + | 27 | 36 | 0.000185 | 1 | GCTAATGATC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 41378 | + | 9 | 18 | 0.000185 | 1 | ACTAATGGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2518 | + | 20 | 29 | 0.000191 | 1 | GATAATGAGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11960 | − | 11 | 20 | 0.000191 | 1 | GGTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 12379 | + | 4 | 13 | 0.000191 | 1 | CATAATGGGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13038 | + | 9 | 18 | 0.000258 | 1 | CGTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 13465 | + | 12 | 21 | 0.000258 | 1 | GGTAATGACA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 15821 | + | 20 | 29 | 0.000258 | 1 | TTTAATTACC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 24994 | − | 29 | 38 | 0.000284 | 1 | ACTAATGGGT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 27811 | + | 24 | 33 | 0.000284 | 1 | TGTAATGGCC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 27846 | + | 10 | 19 | 0.000284 | 1 | ACTAATGACG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 30273 | − | 20 | 29 | 0.000306 | 1 | ATTAATGGGG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33564 | + | 20 | 29 | 0.000306 | 1 | ACTAATTGCT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33666 | + | 8 | 17 | 0.000306 | 1 | CATAATGAGC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35540 | + | 10 | 19 | 0.000306 | 1 | GGTAATTACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 35765 | − | 22 | 31 | 0.000306 | 1 | GCTAATGGAG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 37847 | − | 20 | 29 | 0.000306 | 1 | TCTAATGACG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 39648 | − | 21 | 30 | 0.000306 | 1 | GTTAATGGAG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 41692 | − | 19 | 28 | 0.000306 | 1 | ACTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 3122 | + | 10 | 19 | 0.000324 | 1 | ATTAATTGCG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6218 | − | 2 | 11 | 0.000324 | 1 | GTTAATTATC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6621 | + | 22 | 31 | 0.000324 | 1 | GTTAATTATC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 12852 | + | 28 | 37 | 0.000324 | 1 | GGTAATTGGG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 23997 | − | 20 | 29 | 0.000324 | 1 | GGTAATTGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26149 | − | 25 | 34 | 0.000324 | 1 | ACTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26658 | − | 8 | 17 | 0.000324 | 1 | GCTAATTATC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 36981 | + | 27 | 36 | 0.000324 | 1 | TCTAATTGCT |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 39852 | + | 28 | 37 | 0.000324 | 1 | GGTAATTGGG |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 39914 | − | 26 | 35 | 0.000324 | 1 | TCTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 40197 | − | 23 | 32 | 0.000324 | 1 | TTTAATGGGG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 41175 | − | 27 | 36 | 0.000324 | 1 | CCTAATGAAC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 385 | + | 22 | 31 | 0.000337 | 1 | GGTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 1383 | − | 6 | 15 | 0.000337 | 1 | CGTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2432 | − | 5 | 14 | 0.000337 | 1 | CATAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 4487 | − | 15 | 24 | 0.000337 | 1 | GATAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5420 | + | 23 | 32 | 0.000337 | 1 | CGTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5710 | + | 30 | 39 | 0.000337 | 1 | GGTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6365 | − | 24 | 33 | 0.000337 | 1 | GCTAATGATT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 10016 | − | 17 | 26 | 0.000337 | 1 | CATAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11037 | + | 3 | 12 | 0.000337 | 1 | CTTAATGGTT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 11607 | − | 28 | 37 | 0.000337 | 1 | CTTAATGGTT |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 17643 | + | 11 | 20 | 0.000337 | 1 | CATAATTGGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 19526 | + | 22 | 31 | 0.000337 | 1 | GCTAATGATT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 20032 | + | 10 | 19 | 0.000337 | 1 | TCTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 22892 | − | 2 | 11 | 0.000337 | 1 | TTTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 23663 | − | 22 | 31 | 0.000337 | 1 | TCTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26257 | − | 15 | 24 | 0.000337 | 1 | CTTAATGGTT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26658 | + | 8 | 17 | 0.000337 | 1 | GATAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 26912 | + | 30 | 39 | 0.000337 | 1 | GGTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 27661 | + | 30 | 39 | 0.000337 | 1 | GGTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 27717 | − | 5 | 14 | 0.000337 | 1 | GGTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29243 | − | 6 | 15 | 0.000337 | 1 | GTTAATGATT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 29519 | − | 28 | 37 | 0.000337 | 1 | CTTAATGGTT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 30761 | − | 21 | 30 | 0.000337 | 1 | CCTAATGGTT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 30767 | + | 10 | 19 | 0.000337 | 1 | CATAATGACT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 33761 | + | 3 | 12 | 0.000337 | 1 | CCTAATGGTT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 34053 | − | 27 | 36 | 0.000337 | 1 | TTTAATTGCG |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 41564 | + | 30 | 39 | 0.000337 | 1 | GGTAATGGTC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 41732 | + | 4 | 13 | 0.000337 | 1 | GTTAATGATT |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 682 | − | 6 | 15 | 0.000366 | 1 | ATTAATTAGC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 1772 | + | 22 | 31 | 0.000366 | 1 | GTTAATGGTA |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 2778 | − | 27 | 36 | 0.000366 | 1 | AGTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 5268 | + | 11 | 20 | 0.000366 | 1 | AGTAATGACC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6066 | − | 21 | 30 | 0.000366 | 1 | CCTAATTGAC |
| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 6360 | + | 25 | 34 | 0.000366 | 1 | CTTAATTGAC |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 7936 | − | 16 | 25 | 0.000366 | 1 | CGTAATGACA |
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| Hoxa5_3415.1.bml.pwm | 9573 | + | 26 | 35 | 0.000441 | 1 | CGTAATTACG |
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Command line:
/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/shuffled -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/uniprobes.shuffled.fasta
Settings:
| output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/shuffled | MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/pwm.fimo | sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssi82q44soludrl22eqf4mq28npj2hq4m0cgtkrg4g5s4ska8siso0/uniprobes.shuffled.fasta |
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| scan both strands = true | max sequence length = 250000000 | output threshold = 0.001 |
| threshold type = p-value | max stored scores = 100000 | pseudocount = 0.1 |
| verbosity = 2 |
This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.