Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains 40870 sequences, 2452200 residues

MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/pwm.fimo (nucleotide)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10 GCTCATAAAA

Random model letter frequencies (from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10773 + 17 26 1.11e-06 1 GCCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 26703 25 34 1.11e-06 1 GCCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7834 + 22 31 3.12e-06 1 GCCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28263 + 10 19 3.12e-06 1 CCCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 32495 15 24 3.12e-06 1 GCCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 36589 + 4 13 3.12e-06 1 CCCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5061 4 13 4.47e-06 1 GCTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 35729 + 18 27 4.47e-06 1 GCTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 19487 24 33 5.38e-06 1 CCCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31985 + 12 21 5.38e-06 1 CCCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12540 9 18 9.18e-06 1 CCTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 19074 + 4 13 9.18e-06 1 GCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29004 + 13 22 9.18e-06 1 CCTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30142 14 23 9.18e-06 1 GCTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 35559 + 13 22 9.18e-06 1 GCTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37093 13 22 9.18e-06 1 GCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 3697 + 23 32 1.01e-05 1 GCCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31981 14 23 1.01e-05 1 GCCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 54 + 8 17 1.88e-05 1 GCCTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2830 23 32 1.88e-05 1 ACCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6941 + 11 20 1.88e-05 1 CCTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12253 10 19 1.88e-05 1 TCCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12706 + 13 22 1.88e-05 1 ACCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 15954 23 32 1.88e-05 1 GCCCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 20673 + 15 24 1.88e-05 1 GCCCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25008 21 30 1.88e-05 1 CCTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28785 17 26 1.88e-05 1 GCCTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30297 + 27 36 1.88e-05 1 CCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 32741 7 16 1.88e-05 1 CCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 34492 + 11 20 1.88e-05 1 GCCAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37212 + 2 11 1.88e-05 1 CCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37659 + 6 15 1.88e-05 1 TCCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4750 + 16 25 2.32e-05 1 GCTAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8516 21 30 2.32e-05 1 GGCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8545 20 29 2.32e-05 1 GCTAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 9866 12 21 2.32e-05 1 CCCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21918 + 7 16 2.32e-05 1 GGCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 23088 + 18 27 2.32e-05 1 CCCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30558 8 17 2.32e-05 1 GCCCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37047 + 3 12 2.32e-05 1 GCCCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2795 5 14 3.3e-05 1 ACCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5267 9 18 3.3e-05 1 TCCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 9419 + 21 30 3.3e-05 1 GCCTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12758 19 28 3.3e-05 1 CCCAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 19740 20 29 3.3e-05 1 GCCCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22402 + 16 25 3.3e-05 1 GCCCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22412 25 34 3.3e-05 1 GCTCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22562 6 15 3.3e-05 1 CCCTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25830 + 13 22 3.3e-05 1 GCCCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 27353 + 18 27 3.3e-05 1 GCTCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 27782 8 17 3.3e-05 1 GCCTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30645 + 11 20 3.3e-05 1 ACCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 32258 + 5 14 3.3e-05 1 CCCAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33018 18 27 3.3e-05 1 GCCCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33622 + 23 32 3.3e-05 1 CCCCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37966 + 4 13 3.3e-05 1 CCCTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 38530 12 21 3.3e-05 1 CCCCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 381 19 28 4.5e-05 1 TCTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 407 9 18 4.5e-05 1 GCTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 1308 18 27 4.5e-05 1 CCTAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 1410 + 27 36 4.5e-05 1 GCTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6568 3 12 4.5e-05 1 CGCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6699 + 2 11 4.5e-05 1 GCTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7146 + 2 11 4.5e-05 1 ACTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 9861 13 22 4.5e-05 1 GGCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10805 14 23 4.5e-05 1 GCTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 11901 + 6 15 4.5e-05 1 GGCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18285 + 5 14 4.5e-05 1 GCTCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18778 + 25 34 4.5e-05 1 GCTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 20990 + 27 36 4.5e-05 1 ACTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 24960 2 11 4.5e-05 1 GCTCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28889 29 38 4.5e-05 1 ACTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30508 18 27 4.5e-05 1 ACTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30971 + 23 32 4.5e-05 1 CCTAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31129 + 12 21 4.5e-05 1 TCTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 32711 + 20 29 4.5e-05 1 CGCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 34202 + 11 20 4.5e-05 1 CCCCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 38918 27 36 4.5e-05 1 GCTCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 39379 + 21 30 4.5e-05 1 CCCCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 40273 28 37 4.5e-05 1 CGCCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5964 + 28 37 5.32e-05 1 GCCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6811 15 24 5.32e-05 1 CCTCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8112 + 11 20 5.32e-05 1 CCCCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8468 25 34 5.32e-05 1 CCCTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10121 13 22 5.32e-05 1 GCTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10750 6 15 5.32e-05 1 CCCCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12219 + 7 16 5.32e-05 1 GCCAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 13557 + 26 35 5.32e-05 1 GCCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 17088 8 17 5.32e-05 1 GCCAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 20332 + 20 29 5.32e-05 1 GCTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21181 16 25 5.32e-05 1 GGTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22587 + 3 12 5.32e-05 1 GGTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25829 2 11 5.32e-05 1 CCCCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31395 5 14 5.32e-05 1 GCCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 32669 27 36 5.32e-05 1 CCCCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33113 + 16 25 5.32e-05 1 CCCTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33149 + 17 26 5.32e-05 1 CCTCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 35170 + 1 10 5.32e-05 1 GCCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 35815 + 10 19 5.32e-05 1 CCCCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 1318 + 21 30 6.93e-05 1 ACTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2574 + 7 16 6.93e-05 1 GCTCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2721 + 6 15 6.93e-05 1 CCTCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4049 + 8 17 6.93e-05 1 CGCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5277 23 32 6.93e-05 1 CGCCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6904 29 38 6.93e-05 1 ACCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7923 24 33 6.93e-05 1 GCTCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 13226 + 10 19 6.93e-05 1 CCTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 16919 + 16 25 6.93e-05 1 TCTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 20893 16 25 6.93e-05 1 CCTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 20975 1 10 6.93e-05 1 GCCAATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21549 4 13 6.93e-05 1 CCTCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22873 4 13 6.93e-05 1 TCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 23069 + 9 18 6.93e-05 1 ACCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 23313 16 25 6.93e-05 1 CCTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25974 29 38 6.93e-05 1 ACCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 26401 17 26 6.93e-05 1 GCTTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29687 5 14 6.93e-05 1 GCTCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30324 26 35 6.93e-05 1 GCCAATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31279 20 29 6.93e-05 1 TCTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31865 + 9 18 6.93e-05 1 GCTCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33104 + 25 34 6.93e-05 1 GCCAATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33378 + 1 10 6.93e-05 1 GCTTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 34497 24 33 6.93e-05 1 ACCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 36369 13 22 6.93e-05 1 CCTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37200 + 7 16 6.93e-05 1 TCCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 38054 24 33 6.93e-05 1 ACTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 39302 + 26 35 6.93e-05 1 GCTTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 112 5 14 8.12e-05 1 TCCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2176 5 14 8.12e-05 1 GCCTATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2700 23 32 8.12e-05 1 CCTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4233 4 13 8.12e-05 1 ACCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4990 1 10 8.12e-05 1 CGTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6360 29 38 8.12e-05 1 ACCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 6759 + 23 32 8.12e-05 1 ACCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7185 29 38 8.12e-05 1 ACCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7646 25 34 8.12e-05 1 CCCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8934 + 25 34 8.12e-05 1 GGTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 9208 + 3 12 8.12e-05 1 GCCAGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 13592 + 5 14 8.12e-05 1 CCTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 14600 27 36 8.12e-05 1 GCCAGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 14893 22 31 8.12e-05 1 GGTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 17003 + 11 20 8.12e-05 1 GCCTATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18770 22 31 8.12e-05 1 GCCCATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 19673 15 24 8.12e-05 1 GCCCATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22929 2 11 8.12e-05 1 GCCAGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 23200 6 15 8.12e-05 1 GGCAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30097 + 3 12 8.12e-05 1 CGTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30217 9 18 8.12e-05 1 CCCAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 34777 + 7 16 8.12e-05 1 CCCAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 35107 + 4 13 8.12e-05 1 TCCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 38899 26 35 8.12e-05 1 CGTCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 40504 + 8 17 8.12e-05 1 CCCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8673 + 18 27 0.000101 1 GGCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8799 28 37 0.000101 1 CCTTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10352 + 22 31 0.000101 1 CCTCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12105 7 16 0.000101 1 CCTCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12409 + 25 34 0.000101 1 TCCTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 14047 14 23 0.000101 1 GCCAGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 14478 18 27 0.000101 1 CCCAATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 17815 + 12 21 0.000101 1 GCTCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18212 + 10 19 0.000101 1 GCTAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18649 + 14 23 0.000101 1 ACCTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 19449 26 35 0.000101 1 TCCAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21307 6 15 0.000101 1 GCCAATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21903 + 17 26 0.000101 1 CCCAATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22931 7 16 0.000101 1 ACCAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 24110 + 21 30 0.000101 1 GCCTATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 24878 + 1 10 0.000101 1 CCTCATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 26815 + 6 15 0.000101 1 CCTTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29940 18 27 0.000101 1 GCTCGTAAAG
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Hoxb13_3479.1.bml.pwm 16772 + 28 37 0.000513 1 GCTCATTAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 17355 29 38 0.000513 1 ACCTGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18110 + 19 28 0.000513 1 CCACGTAAAA
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Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28250 + 26 35 0.000513 1 TGTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28367 21 30 0.000513 1 GATTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28761 29 38 0.000513 1 ACTTGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29043 3 12 0.000513 1 ACTTGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29391 9 18 0.000513 1 AGTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29957 + 20 29 0.000513 1 GGTAGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29977 + 23 32 0.000513 1 AATCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30549 11 20 0.000513 1 TGTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30921 + 1 10 0.000513 1 TGTTATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30991 27 36 0.000513 1 CCTCATTAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 32590 12 21 0.000513 1 CCTTATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33547 11 20 0.000513 1 ACCAATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 33606 16 25 0.000513 1 GGTTATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 34869 16 25 0.000513 1 CGCCGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 35496 11 20 0.000513 1 GGTAGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 36190 + 4 13 0.000513 1 AGTAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 36598 16 25 0.000513 1 GCTTGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37329 22 31 0.000513 1 GCTCGTTAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37385 + 10 19 0.000513 1 CCACGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37425 28 37 0.000513 1 CACCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 37569 + 9 18 0.000513 1 GATAGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 38028 + 12 21 0.000513 1 ACTCGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 38365 24 33 0.000513 1 TGTCATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 39185 14 23 0.000513 1 TCTCGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 39350 + 3 12 0.000513 1 GCCAATTAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 39957 + 18 27 0.000513 1 GTTCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 40181 + 8 17 0.000513 1 GGTTATAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 40353 11 20 0.000513 1 ACTCGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 491 + 13 22 0.000561 1 CGTTATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 762 23 32 0.000561 1 GTCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 1037 25 34 0.000561 1 CGCTATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 1977 + 7 16 0.000561 1 CACCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2336 + 1 10 0.000561 1 CACCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 2423 29 38 0.000561 1 ACTAGTAAAG
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Hoxb13_3479.1.bml.pwm 3451 + 22 31 0.000561 1 AGCAATAAAC
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Hoxb13_3479.1.bml.pwm 3879 26 35 0.000561 1 ACTAGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4071 2 11 0.000561 1 AGCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4495 + 20 29 0.000561 1 CATCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 4878 + 5 14 0.000561 1 GCCTATTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5216 7 16 0.000561 1 AGTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5387 3 12 0.000561 1 GGTTGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5479 11 20 0.000561 1 CCTCGTTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 5893 26 35 0.000561 1 TGCAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7595 + 27 36 0.000561 1 CACTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7812 1 10 0.000561 1 GGCAATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 7910 + 6 15 0.000561 1 CATCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8270 25 34 0.000561 1 GCCAGTTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8803 18 27 0.000561 1 TCTTATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 8953 30 39 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 9144 13 22 0.000561 1 TGCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10260 15 24 0.000561 1 CCGCATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10302 + 2 11 0.000561 1 CACTGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10465 + 3 12 0.000561 1 GGTTGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10562 29 38 0.000561 1 ACTAGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 10806 + 10 19 0.000561 1 GCCAGTTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 11011 + 4 13 0.000561 1 TCTTGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 11585 + 18 27 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 11881 + 24 33 0.000561 1 CCCCGTTAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12329 30 39 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12721 22 31 0.000561 1 CCCAATTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 12749 + 8 17 0.000561 1 CGCAGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 13100 + 28 37 0.000561 1 TCTAGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 13758 + 4 13 0.000561 1 GCGCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 13945 + 19 28 0.000561 1 ACTTATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 14227 4 13 0.000561 1 TCTAGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 14601 24 33 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 15293 + 22 31 0.000561 1 CGCTGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 16056 + 7 16 0.000561 1 GGTCGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 16328 + 21 30 0.000561 1 GACAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 16338 + 21 30 0.000561 1 AGCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 16509 + 6 15 0.000561 1 TGTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 17155 4 13 0.000561 1 GGCTGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 17418 + 7 16 0.000561 1 ACTTGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18051 30 39 0.000561 1 GACAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18744 8 17 0.000561 1 TGTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 18811 5 14 0.000561 1 TGCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 19290 20 29 0.000561 1 CGTAGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21056 30 39 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21911 + 28 37 0.000561 1 CCCCGTTAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 21915 9 18 0.000561 1 GCAAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22413 6 15 0.000561 1 CCCCGTTAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22541 30 39 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 22888 + 26 35 0.000561 1 CCTCGTTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 23562 27 36 0.000561 1 AGCCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 23830 + 15 24 0.000561 1 CCCAATTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 24740 21 30 0.000561 1 TCTTGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25451 13 22 0.000561 1 GCCGATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25458 + 15 24 0.000561 1 GTCCATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 25864 3 12 0.000561 1 GCCTATTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 26718 17 26 0.000561 1 GGTCGTTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 27382 30 39 0.000561 1 GACCGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 27770 + 1 10 0.000561 1 CCTCGTTAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28103 + 15 24 0.000561 1 TCTAGTAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28123 + 4 13 0.000561 1 GGCAATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28235 + 7 16 0.000561 1 AGTCGTAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28251 + 18 27 0.000561 1 CGCTATAAAG
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 28385 8 17 0.000561 1 CGTCATTAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 29805 6 15 0.000561 1 CGTTATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30387 2 11 0.000561 1 CACCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30537 + 15 24 0.000561 1 GCAAATAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 30938 28 37 0.000561 1 CACCGTAAAT
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31154 23 32 0.000561 1 GCGCGTAAAA
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31279 1 10 0.000561 1 TGCAATAAAC
Hoxb13_3479.1.bml.pwm 31280 + 24 33 0.000561 1 GGCTGTAAAG

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/shuffled -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/uniprobes.shuffled.fasta

Settings:

output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/shuffled MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/pwm.fimo sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssrvdrjk9atktbnp15ra0drnhp6c0go5r420gvpabv5j2m1sb7mg60/uniprobes.shuffled.fasta
allow clobber = true compute q-values = true text only = false
scan both strands = true max sequence length = 250000000 output threshold = 0.001
threshold type = p-value max stored scores = 100000 pseudocount = 0.1
verbosity = 2

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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