| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information |
FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)
For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
DATABASE
/srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains
41735
sequences,
2504100
residues
MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/pwm.fimo (nucleotide)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10 | TTAATGACTT |
Random model letter frequencies
(from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275
| Motif | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 4236 | + | 26 | 35 | 3.67e-06 | 1 | CTAATGACCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 6686 | − | 19 | 28 | 3.67e-06 | 1 | TTAATGGCCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 7750 | − | 25 | 34 | 3.67e-06 | 1 | CTAATGACCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 9399 | − | 11 | 20 | 3.67e-06 | 1 | CTAATGGCCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10634 | + | 8 | 17 | 3.67e-06 | 1 | TTAATGACCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 23349 | + | 26 | 35 | 3.67e-06 | 1 | CTAATGGCCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 27903 | + | 1 | 10 | 3.67e-06 | 1 | CTAATGGCCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35879 | + | 1 | 10 | 3.67e-06 | 1 | CTAATGACCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 36532 | − | 15 | 24 | 3.67e-06 | 1 | TTAATGACCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 39863 | + | 20 | 29 | 3.67e-06 | 1 | TTAATGGCCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 328 | + | 22 | 31 | 8.14e-06 | 1 | CTAATGACCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 1075 | − | 5 | 14 | 8.14e-06 | 1 | TTAATGGCCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 2448 | + | 20 | 29 | 8.14e-06 | 1 | TTAATGGCCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 3893 | − | 25 | 34 | 8.14e-06 | 1 | CTAATGACCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 6096 | − | 17 | 26 | 8.14e-06 | 1 | TTAATGACCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10359 | + | 9 | 18 | 8.14e-06 | 1 | CTAATGGCCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 24963 | + | 6 | 15 | 8.14e-06 | 1 | TTAATGACCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 27343 | − | 24 | 33 | 8.14e-06 | 1 | CTAATGGCCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 2389 | − | 21 | 30 | 1.18e-05 | 1 | TTAATGACCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 4928 | − | 26 | 35 | 1.18e-05 | 1 | CTAATGGCCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 13538 | − | 9 | 18 | 1.18e-05 | 1 | CTAATGACCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 15257 | − | 20 | 29 | 1.18e-05 | 1 | CTAATGGCCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 15258 | + | 20 | 29 | 1.18e-05 | 1 | CTAATGACCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 27383 | + | 27 | 36 | 1.18e-05 | 1 | CTAATGGCCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 28208 | + | 14 | 23 | 1.18e-05 | 1 | TTAATGGCCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 30290 | − | 15 | 24 | 1.18e-05 | 1 | TTAATGGCCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 41672 | + | 13 | 22 | 1.18e-05 | 1 | TTAATGACCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 1384 | − | 12 | 21 | 1.63e-05 | 1 | TTAATGGCTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 6520 | + | 6 | 15 | 1.63e-05 | 1 | TTAATGGCTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 6817 | − | 13 | 22 | 1.63e-05 | 1 | TTAATGACTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 19353 | + | 11 | 20 | 1.63e-05 | 1 | TTAATGACTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 28637 | − | 1 | 10 | 1.63e-05 | 1 | CTAATGGCTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 31407 | − | 21 | 30 | 1.63e-05 | 1 | CTAATGACTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 33633 | + | 10 | 19 | 1.63e-05 | 1 | CTAATGACTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35269 | + | 22 | 31 | 1.63e-05 | 1 | CTAATGGCTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 38906 | − | 26 | 35 | 1.63e-05 | 1 | CTAATGGCTC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 4240 | + | 23 | 32 | 2.17e-05 | 1 | CTAATGGCTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 22323 | + | 23 | 32 | 2.17e-05 | 1 | CTAATGACTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 25114 | + | 8 | 17 | 2.17e-05 | 1 | TTAATGACTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 28290 | − | 24 | 33 | 2.17e-05 | 1 | CTAATGGCTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 30446 | − | 5 | 14 | 2.17e-05 | 1 | TTAATGGCTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35391 | − | 21 | 30 | 2.17e-05 | 1 | TTAATGACTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35514 | + | 4 | 13 | 2.17e-05 | 1 | TTAATGGCTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35938 | − | 16 | 25 | 2.17e-05 | 1 | CTAATGACTT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 3178 | + | 5 | 14 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGACTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 3721 | − | 21 | 30 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGACCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 4902 | + | 7 | 16 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGGCCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 8191 | + | 16 | 25 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGGCTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 11852 | − | 5 | 14 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGGCTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 14387 | − | 28 | 37 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGGCTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 15282 | + | 15 | 24 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGACCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 16681 | − | 4 | 13 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGACCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 20786 | − | 14 | 23 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGACTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 20891 | − | 25 | 34 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGACCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 21780 | − | 22 | 31 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGACTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 22790 | + | 20 | 29 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGACTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 24865 | + | 8 | 17 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGGCCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 29093 | − | 13 | 22 | 3.07e-05 | 1 | CTAATGGCCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 32764 | − | 20 | 29 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGGCCA |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 33983 | + | 24 | 33 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGGCTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 39605 | − | 24 | 33 | 3.07e-05 | 1 | TTAATGGCTG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 3643 | + | 16 | 25 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGGTCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 7421 | − | 7 | 16 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGACGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10862 | − | 17 | 26 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10996 | + | 26 | 35 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGATCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 11171 | − | 25 | 34 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGGTCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 12239 | − | 8 | 17 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGGCGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 13044 | − | 14 | 23 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGACGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 14645 | − | 14 | 23 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGATCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 18284 | + | 24 | 33 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGGGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 20151 | + | 10 | 19 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGCGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 21586 | + | 10 | 19 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGACGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 23867 | + | 4 | 13 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGGCGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 26366 | + | 8 | 17 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGTCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 26552 | + | 25 | 34 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGATCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 28186 | − | 11 | 20 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGATCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 29196 | + | 14 | 23 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGAGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 29744 | + | 26 | 35 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 29893 | + | 13 | 22 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGACGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 32127 | − | 8 | 17 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGTCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 32268 | + | 1 | 10 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGATCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 32312 | − | 14 | 23 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGCGC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 34133 | − | 15 | 24 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGAGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 36604 | − | 10 | 19 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGAGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 37750 | + | 22 | 31 | 4.25e-05 | 1 | TTAATGAGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 39600 | + | 1 | 10 | 4.25e-05 | 1 | CTAATGGGCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 1885 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 2321 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 3327 | + | 17 | 26 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGCGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 3642 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 7084 | − | 13 | 22 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGCGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 7808 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 8632 | − | 21 | 30 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGATCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 9039 | + | 27 | 36 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGAGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 9052 | + | 16 | 25 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 9203 | − | 18 | 27 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGAGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10292 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 10432 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 11546 | + | 9 | 18 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGACGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 12757 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 14295 | − | 5 | 14 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGCGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 15266 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 16289 | + | 2 | 11 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGAGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 17171 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 17190 | + | 14 | 23 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 17973 | + | 26 | 35 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGAGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 19571 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 20878 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 21151 | − | 10 | 19 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGATCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 23874 | + | 11 | 20 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 24696 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 24837 | + | 21 | 30 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 25645 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 25809 | − | 7 | 16 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGACGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 26217 | + | 5 | 14 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGATCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 27805 | − | 11 | 20 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 27871 | − | 13 | 22 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 27923 | + | 14 | 23 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGACGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 28302 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 29898 | + | 24 | 33 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGCGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 30962 | + | 12 | 21 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGATCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 31140 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 32629 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 33576 | − | 24 | 33 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 33661 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 33877 | − | 11 | 20 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGACGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35237 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | CTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35428 | + | 23 | 32 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35612 | + | 1 | 10 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGAGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35718 | + | 29 | 38 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGCGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 35790 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 36125 | + | 29 | 38 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGCGT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 36514 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 36759 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 38602 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 41112 | + | 31 | 40 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGGTCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 41177 | − | 6 | 15 | 5.68e-05 | 1 | TTAATGAGCT |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 640 | − | 26 | 35 | 7.31e-05 | 1 | CTAATGAGCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 811 | − | 12 | 21 | 7.31e-05 | 1 | TTAATTGCCC |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 919 | + | 14 | 23 | 7.31e-05 | 1 | TTAATGGTCG |
| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 1700 | + | 1 | 10 | 7.31e-05 | 1 | CTAATGACGG |
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| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 40678 | − | 2 | 11 | 9.29e-05 | 1 | CTAATGAACC |
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| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 5652 | − | 23 | 32 | 0.00012 | 1 | CTAATGACAT |
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| Hoxb4_2627.1.bml.pwm | 13315 | + | 6 | 15 | 0.000525 | 1 | ATAATGATCG |
Command line:
/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/shuffled -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/uniprobes.shuffled.fasta
Settings:
| output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/shuffled | MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/pwm.fimo | sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ss9262rfqm4gmh9rme0if0o5vt294sgv86qc96oqfufpvjus0m54e1/uniprobes.shuffled.fasta |
| allow clobber = true | compute q-values = true | text only = false |
| scan both strands = true | max sequence length = 250000000 | output threshold = 0.001 |
| threshold type = p-value | max stored scores = 100000 | pseudocount = 0.1 |
| verbosity = 2 |
This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.