| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information |
FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)
For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
DATABASE
/srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssem11i7h0e8t2jn6f8tc3b3c30bgp1966mrsd9ki3k40n71qlgft0/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains
41881
sequences,
2512860
residues
MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssem11i7h0e8t2jn6f8tc3b3c30bgp1966mrsd9ki3k40n71qlgft0/pwm.fimo (nucleotide)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 10 | TTTTATGACC |
Random model letter frequencies
(from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275
| Motif | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 22296 | + | 16 | 25 | 1.35e-06 | 1 | TTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 32990 | − | 3 | 12 | 1.35e-06 | 1 | TTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 19099 | + | 22 | 31 | 2.45e-06 | 1 | TTTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 27664 | − | 25 | 34 | 2.45e-06 | 1 | TTTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 393 | − | 7 | 16 | 3.56e-06 | 1 | TTTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 26892 | + | 21 | 30 | 3.56e-06 | 1 | TTTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 1985 | + | 4 | 13 | 4.67e-06 | 1 | CTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25346 | − | 28 | 37 | 4.67e-06 | 1 | CTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 32627 | − | 22 | 31 | 4.67e-06 | 1 | CTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 15693 | + | 13 | 22 | 5.58e-06 | 1 | TTTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 38771 | − | 6 | 15 | 5.58e-06 | 1 | TTTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11236 | − | 6 | 15 | 6.48e-06 | 1 | CTTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 29194 | + | 3 | 12 | 6.48e-06 | 1 | CTTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11819 | + | 12 | 21 | 8.94e-06 | 1 | TTTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 13481 | − | 22 | 31 | 8.94e-06 | 1 | TTTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 34585 | + | 14 | 23 | 8.94e-06 | 1 | GTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 39995 | − | 11 | 20 | 8.94e-06 | 1 | GTTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 2208 | + | 17 | 26 | 1.23e-05 | 1 | TTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 4080 | + | 21 | 30 | 1.23e-05 | 1 | GTTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11404 | − | 7 | 16 | 1.23e-05 | 1 | TTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11727 | − | 18 | 27 | 1.23e-05 | 1 | TTTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 13788 | + | 4 | 13 | 1.23e-05 | 1 | TTTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 41004 | − | 14 | 23 | 1.23e-05 | 1 | GTTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 28413 | − | 17 | 26 | 1.32e-05 | 1 | CTTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 31152 | + | 11 | 20 | 1.32e-05 | 1 | CTTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 7385 | + | 17 | 26 | 1.57e-05 | 1 | ATTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 12592 | − | 13 | 22 | 1.57e-05 | 1 | TTTTACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 33828 | + | 14 | 23 | 1.57e-05 | 1 | TTTTACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40465 | − | 6 | 15 | 1.57e-05 | 1 | ATTTATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 359 | − | 9 | 18 | 1.78e-05 | 1 | CTTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 8078 | − | 3 | 12 | 1.78e-05 | 1 | TTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 19761 | + | 5 | 14 | 1.78e-05 | 1 | CTTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 21312 | + | 26 | 35 | 1.78e-05 | 1 | TTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40186 | + | 1 | 10 | 1.78e-05 | 1 | TTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 6599 | − | 14 | 23 | 1.89e-05 | 1 | ATTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 32709 | + | 13 | 22 | 1.89e-05 | 1 | ATTTACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 14475 | + | 28 | 37 | 2e-05 | 1 | TTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25734 | + | 7 | 16 | 2e-05 | 1 | TTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 28673 | − | 20 | 29 | 2e-05 | 1 | TTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11992 | + | 2 | 11 | 2.16e-05 | 1 | TTTTATGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 27154 | − | 24 | 33 | 2.16e-05 | 1 | TTTTATGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40777 | + | 27 | 36 | 2.16e-05 | 1 | TTTTATGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 502 | − | 18 | 27 | 2.36e-05 | 1 | GTTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 2365 | + | 19 | 28 | 2.36e-05 | 1 | TTTAATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 3655 | + | 19 | 28 | 2.36e-05 | 1 | GTTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 13599 | − | 20 | 29 | 2.36e-05 | 1 | TTTAATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 5521 | + | 3 | 12 | 2.61e-05 | 1 | TTTTACGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11680 | − | 16 | 25 | 2.61e-05 | 1 | CTTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 28649 | + | 5 | 14 | 2.61e-05 | 1 | CTTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 37041 | − | 4 | 13 | 2.61e-05 | 1 | TTTTACGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 5668 | + | 2 | 11 | 2.88e-05 | 1 | TTTAACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 19117 | − | 8 | 17 | 2.88e-05 | 1 | GTTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25056 | + | 25 | 34 | 2.88e-05 | 1 | TTTTATGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 26221 | − | 17 | 26 | 2.88e-05 | 1 | TTTTATGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 28694 | + | 27 | 36 | 2.88e-05 | 1 | TTTAACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 32878 | + | 8 | 17 | 2.88e-05 | 1 | GTTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 9870 | + | 5 | 14 | 3.09e-05 | 1 | CTTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 13615 | − | 2 | 11 | 3.09e-05 | 1 | CTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 22772 | − | 9 | 18 | 3.09e-05 | 1 | CTTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 38262 | − | 27 | 36 | 3.09e-05 | 1 | CTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40604 | + | 2 | 11 | 3.09e-05 | 1 | CTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 41624 | + | 27 | 36 | 3.09e-05 | 1 | CTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 12323 | − | 22 | 31 | 3.45e-05 | 1 | TTTTACGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 22951 | − | 5 | 14 | 3.45e-05 | 1 | TTTTATGACA |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 23213 | + | 15 | 24 | 3.45e-05 | 1 | TTTTACGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 24898 | + | 9 | 18 | 3.45e-05 | 1 | ATTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 36118 | + | 6 | 15 | 3.45e-05 | 1 | TTTTATGACA |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40538 | − | 16 | 25 | 3.45e-05 | 1 | ATTTATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 4299 | + | 3 | 12 | 3.65e-05 | 1 | TTTTATGGCG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 6871 | + | 28 | 37 | 3.65e-05 | 1 | TTTTATGGCG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 8192 | − | 12 | 21 | 3.65e-05 | 1 | CTTTACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 14606 | − | 20 | 29 | 3.65e-05 | 1 | TTTTATGGCG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 23799 | + | 18 | 27 | 3.65e-05 | 1 | CTTTACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 8123 | − | 22 | 31 | 3.99e-05 | 1 | ATTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 10731 | − | 17 | 26 | 3.99e-05 | 1 | TTTTACGACA |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 13363 | + | 19 | 28 | 3.99e-05 | 1 | TTTTACGACA |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 15850 | − | 15 | 24 | 3.99e-05 | 1 | CTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 22830 | − | 28 | 37 | 3.99e-05 | 1 | CTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25166 | + | 5 | 14 | 3.99e-05 | 1 | CTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 33761 | + | 15 | 24 | 3.99e-05 | 1 | ATTTACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 5967 | − | 8 | 17 | 4.19e-05 | 1 | TTTTACGGCG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 9305 | + | 23 | 32 | 4.19e-05 | 1 | TTTTACGGCG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 15343 | + | 7 | 16 | 4.19e-05 | 1 | GTTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 28786 | − | 22 | 31 | 4.19e-05 | 1 | GTTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 7870 | + | 28 | 37 | 4.42e-05 | 1 | CTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 18462 | + | 16 | 25 | 4.42e-05 | 1 | CTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 18840 | − | 6 | 15 | 4.42e-05 | 1 | TTTTATGGCT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 22385 | − | 9 | 18 | 4.42e-05 | 1 | CTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 31225 | + | 15 | 24 | 4.42e-05 | 1 | TTTTATGGCT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 9376 | + | 25 | 34 | 4.89e-05 | 1 | GTTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 14362 | − | 18 | 27 | 4.89e-05 | 1 | GTTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 19288 | − | 6 | 15 | 4.89e-05 | 1 | GTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25057 | + | 12 | 21 | 4.89e-05 | 1 | GTTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25802 | − | 9 | 18 | 4.89e-05 | 1 | TTTAATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 29647 | + | 21 | 30 | 4.89e-05 | 1 | TTTAATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 31804 | + | 5 | 14 | 4.89e-05 | 1 | CTTTATGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 39435 | − | 20 | 29 | 4.89e-05 | 1 | CTTTATGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11158 | + | 25 | 34 | 5.25e-05 | 1 | TTTTACGGCT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 12179 | + | 13 | 22 | 5.25e-05 | 1 | CTTAATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25333 | − | 23 | 32 | 5.25e-05 | 1 | TTTTACGGCT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 25442 | + | 12 | 21 | 5.25e-05 | 1 | TTTTATGATC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 32227 | − | 16 | 25 | 5.25e-05 | 1 | CTTAATGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 38998 | − | 24 | 33 | 5.25e-05 | 1 | TTTTATGATC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 1902 | − | 20 | 29 | 5.7e-05 | 1 | GTTTACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 4183 | − | 18 | 27 | 5.7e-05 | 1 | TTTAACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 5307 | − | 18 | 27 | 5.7e-05 | 1 | ATTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 8206 | + | 12 | 21 | 5.7e-05 | 1 | CTTTACGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 9112 | − | 10 | 19 | 5.7e-05 | 1 | CTTTACGACT |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 27028 | + | 6 | 15 | 5.7e-05 | 1 | TTTAACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 31298 | + | 13 | 22 | 5.7e-05 | 1 | GTTTACGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40599 | + | 14 | 23 | 5.7e-05 | 1 | ATTAATGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 6249 | + | 7 | 16 | 6.41e-05 | 1 | GTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 7892 | − | 18 | 27 | 6.41e-05 | 1 | TTTTATTACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 8563 | − | 6 | 15 | 6.41e-05 | 1 | TTTTACGATC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 10837 | − | 1 | 10 | 6.41e-05 | 1 | GTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 13416 | + | 8 | 17 | 6.41e-05 | 1 | TTTAATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 15528 | + | 20 | 29 | 6.41e-05 | 1 | CTTTATGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 26303 | − | 18 | 27 | 6.41e-05 | 1 | CTTAACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 27100 | + | 12 | 21 | 6.41e-05 | 1 | TTTTATTACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 29841 | − | 26 | 35 | 6.41e-05 | 1 | GTTTATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 29870 | + | 21 | 30 | 6.41e-05 | 1 | CTTAACGGCC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 32094 | − | 13 | 22 | 6.41e-05 | 1 | CTTTATGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 39471 | + | 9 | 18 | 6.41e-05 | 1 | TTTTACGATC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 40216 | − | 15 | 24 | 6.41e-05 | 1 | TTTAATGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 9811 | + | 15 | 24 | 6.79e-05 | 1 | ATTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 11922 | + | 27 | 36 | 6.79e-05 | 1 | ATTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 15265 | − | 22 | 31 | 6.79e-05 | 1 | ATTAACGACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 15729 | + | 23 | 32 | 6.79e-05 | 1 | TTTTATGGCA |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 20502 | − | 10 | 19 | 6.79e-05 | 1 | TTTTATGGCA |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 21707 | + | 2 | 11 | 6.79e-05 | 1 | ATTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 31755 | − | 5 | 14 | 6.79e-05 | 1 | ATTTATGAGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 329 | − | 26 | 35 | 7.47e-05 | 1 | CTTTACGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 1136 | + | 18 | 27 | 7.47e-05 | 1 | TTTAACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 3222 | − | 16 | 25 | 7.47e-05 | 1 | GTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 3565 | + | 12 | 21 | 7.47e-05 | 1 | TTTTACTACC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 4889 | − | 13 | 22 | 7.47e-05 | 1 | TTTTATGAGG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 5566 | + | 5 | 14 | 7.47e-05 | 1 | CTTTACGGGC |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 9399 | + | 13 | 22 | 7.47e-05 | 1 | GTTTACGACG |
| Hoxd11_3873.1.bml.pwm | 12577 | + | 4 | 13 | 7.47e-05 | 1 | CTTTATGACA |
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Command line:
/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssem11i7h0e8t2jn6f8tc3b3c30bgp1966mrsd9ki3k40n71qlgft0/shuffled -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssem11i7h0e8t2jn6f8tc3b3c30bgp1966mrsd9ki3k40n71qlgft0/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssem11i7h0e8t2jn6f8tc3b3c30bgp1966mrsd9ki3k40n71qlgft0/uniprobes.shuffled.fasta
Settings:
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| allow clobber = true | compute q-values = true | text only = false |
| scan both strands = true | max sequence length = 250000000 | output threshold = 0.001 |
| threshold type = p-value | max stored scores = 100000 | pseudocount = 0.1 |
| verbosity = 2 |
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