| Database and Motifs | High-scoring Motif Occurences | Debugging Information |
FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)
For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net
If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble,
"FIMO: Scanning for occurrences of a given motif",
Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.
DATABASE
/srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/uniprobes.shuffled.fasta
Database contains
41893
sequences,
2513580
residues
MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/pwm.fimo (nucleotide)
| MOTIF | WIDTH | BEST POSSIBLE MATCH |
|---|---|---|
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10 | TTTAATGGCC |
Random model letter frequencies
(from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275
| Motif | Sequence Name | Strand | Start | End | p-value | q-value | Matched Sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 4341 | − | 16 | 25 | 9.09e-07 | 1 | CTTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 40927 | + | 13 | 22 | 9.09e-07 | 1 | CTTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 24727 | + | 7 | 16 | 1.82e-06 | 1 | GTTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 30172 | − | 6 | 15 | 1.82e-06 | 1 | GTTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 8084 | + | 19 | 28 | 2.92e-06 | 1 | TTTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 14460 | − | 20 | 29 | 2.92e-06 | 1 | TTTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 15269 | + | 5 | 14 | 4.03e-06 | 1 | CTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 17888 | − | 1 | 10 | 4.03e-06 | 1 | CTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 33368 | − | 26 | 35 | 4.03e-06 | 1 | CTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 2241 | − | 13 | 22 | 5.14e-06 | 1 | GTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 37587 | + | 3 | 12 | 5.14e-06 | 1 | GTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 111 | + | 23 | 32 | 6.05e-06 | 1 | CTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 38103 | − | 9 | 18 | 6.05e-06 | 1 | CTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9138 | + | 28 | 37 | 7.7e-06 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 13513 | + | 21 | 30 | 7.7e-06 | 1 | CGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 15348 | + | 28 | 37 | 7.7e-06 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 16401 | − | 28 | 37 | 7.7e-06 | 1 | CGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 19866 | − | 3 | 12 | 7.7e-06 | 1 | CGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 36664 | − | 12 | 21 | 7.7e-06 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 40293 | + | 3 | 12 | 7.7e-06 | 1 | GTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10648 | + | 26 | 35 | 1.07e-05 | 1 | GGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 11227 | − | 13 | 22 | 1.07e-05 | 1 | CTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 16848 | + | 1 | 10 | 1.07e-05 | 1 | GGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20996 | − | 10 | 19 | 1.07e-05 | 1 | GGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 30962 | + | 16 | 25 | 1.07e-05 | 1 | CTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 31308 | + | 19 | 28 | 1.07e-05 | 1 | ATTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 37683 | − | 21 | 30 | 1.07e-05 | 1 | ATTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10182 | − | 21 | 30 | 1.18e-05 | 1 | GTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 23369 | + | 3 | 12 | 1.18e-05 | 1 | GTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 14677 | − | 6 | 15 | 1.39e-05 | 1 | TTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 18088 | + | 18 | 27 | 1.39e-05 | 1 | TTTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 25097 | − | 25 | 34 | 1.39e-05 | 1 | CCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 27301 | + | 8 | 17 | 1.39e-05 | 1 | CCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 6876 | + | 25 | 34 | 1.46e-05 | 1 | GCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20302 | − | 21 | 30 | 1.46e-05 | 1 | GCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 3843 | − | 18 | 27 | 1.77e-05 | 1 | TTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 5580 | + | 27 | 36 | 1.77e-05 | 1 | TTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9693 | + | 11 | 20 | 1.77e-05 | 1 | CTTTATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 15748 | − | 17 | 26 | 1.77e-05 | 1 | CTTTATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 29050 | + | 18 | 27 | 1.77e-05 | 1 | CTTAATGGCA |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 40206 | + | 2 | 11 | 1.77e-05 | 1 | TTTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 40920 | − | 6 | 15 | 1.77e-05 | 1 | CTTAATGGCA |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 3021 | + | 12 | 21 | 2.06e-05 | 1 | GTTAATGGCA |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10103 | − | 11 | 20 | 2.06e-05 | 1 | TGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 12530 | + | 24 | 33 | 2.06e-05 | 1 | TGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 18584 | + | 19 | 28 | 2.06e-05 | 1 | GTTTATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 18872 | − | 21 | 30 | 2.06e-05 | 1 | GTTAATGGCA |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 21691 | − | 18 | 27 | 2.06e-05 | 1 | GTTTATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20141 | − | 4 | 13 | 2.2e-05 | 1 | TTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 28785 | + | 1 | 10 | 2.2e-05 | 1 | TTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 32959 | + | 26 | 35 | 2.2e-05 | 1 | TTTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 835 | − | 27 | 36 | 2.38e-05 | 1 | TCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 14226 | − | 14 | 23 | 2.38e-05 | 1 | TCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 22259 | − | 14 | 23 | 2.38e-05 | 1 | CTTAATGGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 37837 | + | 26 | 35 | 2.38e-05 | 1 | TCTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 41652 | + | 23 | 32 | 2.38e-05 | 1 | CTTAATGGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 3331 | + | 10 | 19 | 2.67e-05 | 1 | GTTAATGGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 4030 | − | 16 | 25 | 2.67e-05 | 1 | CTTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 24078 | − | 9 | 18 | 2.67e-05 | 1 | CATAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 26348 | − | 12 | 21 | 2.67e-05 | 1 | GTTAATGGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 35453 | + | 25 | 34 | 2.67e-05 | 1 | CATAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 39268 | + | 5 | 14 | 2.67e-05 | 1 | CTTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 12593 | − | 7 | 16 | 3.12e-05 | 1 | TTTTATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 18853 | + | 4 | 13 | 3.12e-05 | 1 | TTTAATGGCA |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 21492 | − | 6 | 15 | 3.12e-05 | 1 | TTTAATGGCA |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 27885 | + | 7 | 16 | 3.12e-05 | 1 | GTTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 29107 | + | 11 | 20 | 3.12e-05 | 1 | GATAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 31657 | − | 22 | 31 | 3.12e-05 | 1 | GTTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 32846 | − | 12 | 21 | 3.12e-05 | 1 | GATAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 41782 | + | 21 | 30 | 3.12e-05 | 1 | TTTTATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 21255 | − | 27 | 36 | 3.21e-05 | 1 | CGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 28244 | + | 23 | 32 | 3.21e-05 | 1 | CGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 28965 | − | 2 | 11 | 3.21e-05 | 1 | CGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 191 | − | 25 | 34 | 3.57e-05 | 1 | ATTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 2418 | + | 23 | 32 | 3.57e-05 | 1 | ATTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 6521 | − | 4 | 13 | 3.57e-05 | 1 | GGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 7196 | − | 26 | 35 | 3.57e-05 | 1 | CTTAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 13497 | − | 28 | 37 | 3.57e-05 | 1 | CTTAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 23482 | + | 6 | 15 | 3.57e-05 | 1 | GGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 28547 | + | 7 | 16 | 3.57e-05 | 1 | CTTAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 32286 | − | 1 | 10 | 3.57e-05 | 1 | CTTAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 4560 | − | 18 | 27 | 3.89e-05 | 1 | CGTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 4714 | + | 15 | 24 | 3.89e-05 | 1 | TTTAATGGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 6085 | + | 1 | 10 | 3.89e-05 | 1 | CGTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 12423 | + | 26 | 35 | 3.89e-05 | 1 | CGTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 17921 | + | 17 | 26 | 3.89e-05 | 1 | GTTAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 36937 | − | 20 | 29 | 3.89e-05 | 1 | GTTAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 39288 | + | 22 | 31 | 3.89e-05 | 1 | TTTAATGGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 5330 | − | 14 | 23 | 4.52e-05 | 1 | ATTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9124 | + | 21 | 30 | 4.52e-05 | 1 | CCTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10281 | − | 27 | 36 | 4.52e-05 | 1 | CCTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 12318 | + | 5 | 14 | 4.52e-05 | 1 | GGTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 13422 | + | 5 | 14 | 4.52e-05 | 1 | TATAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 14176 | − | 2 | 11 | 4.52e-05 | 1 | GGTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20345 | + | 12 | 21 | 4.52e-05 | 1 | TTTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20684 | − | 27 | 36 | 4.52e-05 | 1 | GGTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 21069 | − | 10 | 19 | 4.52e-05 | 1 | TATAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 27631 | − | 20 | 29 | 4.52e-05 | 1 | CTTAATTGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 29649 | − | 22 | 31 | 4.52e-05 | 1 | TTTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 32921 | + | 16 | 25 | 4.52e-05 | 1 | CTTAATTGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 35415 | + | 15 | 24 | 4.52e-05 | 1 | ATTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 41348 | − | 2 | 11 | 4.52e-05 | 1 | CCTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 2508 | + | 28 | 37 | 4.91e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 3510 | − | 2 | 11 | 4.91e-05 | 1 | AGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9942 | + | 23 | 32 | 4.91e-05 | 1 | AGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 12130 | + | 7 | 16 | 4.91e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 21780 | − | 24 | 33 | 4.91e-05 | 1 | GTTAATTGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 22748 | − | 27 | 36 | 4.91e-05 | 1 | AGTAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 24263 | − | 25 | 34 | 4.91e-05 | 1 | GCTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 25624 | + | 27 | 36 | 4.91e-05 | 1 | CGTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 30457 | + | 2 | 11 | 4.91e-05 | 1 | CGTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 33550 | + | 15 | 24 | 4.91e-05 | 1 | GCTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 39607 | − | 18 | 27 | 4.91e-05 | 1 | CGTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 1247 | + | 30 | 39 | 5.43e-05 | 1 | CTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 1709 | + | 6 | 15 | 5.43e-05 | 1 | CTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 6426 | + | 30 | 39 | 5.43e-05 | 1 | CTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 7290 | + | 25 | 34 | 5.43e-05 | 1 | CTTTATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 8379 | − | 25 | 34 | 5.43e-05 | 1 | CTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 8798 | − | 26 | 35 | 5.43e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9506 | + | 25 | 34 | 5.43e-05 | 1 | ATTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 12596 | − | 1 | 10 | 5.43e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 17460 | − | 26 | 35 | 5.43e-05 | 1 | GGTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 21453 | + | 5 | 14 | 5.43e-05 | 1 | GGTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 22725 | − | 1 | 10 | 5.43e-05 | 1 | GGTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 28799 | + | 19 | 28 | 5.43e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 30405 | + | 30 | 39 | 5.43e-05 | 1 | CTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 35015 | − | 7 | 16 | 5.43e-05 | 1 | CTTTATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 38369 | − | 28 | 37 | 5.43e-05 | 1 | CCTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 41337 | − | 6 | 15 | 5.43e-05 | 1 | ATTAATTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 2832 | − | 15 | 24 | 5.84e-05 | 1 | GCTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 3847 | + | 30 | 39 | 5.84e-05 | 1 | GTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 6871 | + | 30 | 39 | 5.84e-05 | 1 | GTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9140 | − | 5 | 14 | 5.84e-05 | 1 | GTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 9522 | + | 30 | 39 | 5.84e-05 | 1 | GTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10694 | − | 14 | 23 | 5.84e-05 | 1 | TGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 11940 | + | 13 | 22 | 5.84e-05 | 1 | GTTAATGGTC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 24708 | + | 21 | 30 | 5.84e-05 | 1 | GTTTATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 28018 | + | 20 | 29 | 5.84e-05 | 1 | TGTAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 33616 | + | 13 | 22 | 5.84e-05 | 1 | GCTAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 37941 | − | 21 | 30 | 5.84e-05 | 1 | GTTTATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 728 | + | 26 | 35 | 6.27e-05 | 1 | CTTTATGGCG |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 41872 | − | 12 | 21 | 0.000397 | 1 | CTAAATGGCT |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 11856 | + | 24 | 33 | 0.00042 | 1 | CTTAATGGAG |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 13608 | + | 24 | 33 | 0.00042 | 1 | GTTAACTGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 15250 | + | 9 | 18 | 0.00042 | 1 | CGTAATGTCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 15287 | − | 28 | 37 | 0.00042 | 1 | CGTAATAGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 15317 | + | 17 | 26 | 0.00042 | 1 | CATTATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 16704 | + | 5 | 14 | 0.00042 | 1 | GTAAATGGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 17374 | + | 9 | 18 | 0.00042 | 1 | TTCAATGGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 17491 | − | 10 | 19 | 0.00042 | 1 | ACTAATGACC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 18407 | + | 28 | 37 | 0.00042 | 1 | TGTAATGGGG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 19726 | − | 11 | 20 | 0.00042 | 1 | TATAATTGCT |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20644 | + | 20 | 29 | 0.00042 | 1 | TATAATTGCT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 20717 | − | 15 | 24 | 0.00042 | 1 | CTTTATGACG |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 32471 | − | 17 | 26 | 0.00042 | 1 | GTTAATAGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 32947 | + | 23 | 32 | 0.00042 | 1 | CGTAATAGCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 33011 | − | 12 | 21 | 0.00042 | 1 | GCTTATGGCA |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 40689 | + | 12 | 21 | 0.00042 | 1 | GCTAATTGGC |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 2445 | − | 23 | 32 | 0.000452 | 1 | CGTAATGGTT |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 5065 | + | 16 | 25 | 0.000452 | 1 | CTGAATGGCG |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 7909 | + | 20 | 29 | 0.000452 | 1 | TTTAACGGCT |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 10139 | + | 24 | 33 | 0.000452 | 1 | CGTTATGACC |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 29500 | + | 18 | 27 | 0.000452 | 1 | CTTAATTTCC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 29662 | − | 13 | 22 | 0.000452 | 1 | TGTAATGACG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 31057 | − | 6 | 15 | 0.000452 | 1 | CTTTATTGGC |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 31126 | − | 11 | 20 | 0.000452 | 1 | TTTAATTGGG |
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| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 31770 | − | 26 | 35 | 0.000452 | 1 | GTTTATGACG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 33777 | − | 27 | 36 | 0.000452 | 1 | TCTAATGGGT |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 34560 | − | 14 | 23 | 0.000452 | 1 | CTAAATGGCG |
| Hoxd8_2644.1.bml.pwm | 35648 | + | 10 | 19 | 0.000452 | 1 | CGTAATGGAC |
Command line:
/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/shuffled -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/uniprobes.shuffled.fasta
Settings:
| output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/shuffled | MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/pwm.fimo | sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/sssi9ra6ljtuubgk28gukdss7mjghoejuavo5p49g1d15ca5hg75n0/uniprobes.shuffled.fasta |
| allow clobber = true | compute q-values = true | text only = false |
| scan both strands = true | max sequence length = 250000000 | output threshold = 0.001 |
| threshold type = p-value | max stored scores = 100000 | pseudocount = 0.1 |
| verbosity = 2 |
This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.