Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/uniprobes.descend.fasta
Database contains 41839 sequences, 2510340 residues

MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/pwm.fimo (nucleotide)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
Pax4_3989.2.bml.pwm 10 ACGAATTAGC

Random model letter frequencies (from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
Pax4_3989.2.bml.pwm 201 15 24 9.09e-07 1 GCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2179 + 16 25 9.09e-07 1 GCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 54 9 18 1.82e-06 1 CCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 964 + 7 16 1.82e-06 1 CCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1600 21 30 2.73e-06 1 GCGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 3113 + 16 25 2.73e-06 1 GCGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 591 + 10 19 4.74e-06 1 CCGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 1304 21 30 4.74e-06 1 ACGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1855 + 10 19 4.74e-06 1 CCGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 6252 + 14 23 4.74e-06 1 ACGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1506 23 32 5.85e-06 1 GCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1587 + 22 31 5.85e-06 1 GCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 3 2 11 9.17e-06 1 TCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7 1 10 9.17e-06 1 CCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 398 12 21 9.17e-06 1 ACGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 407 + 12 21 9.17e-06 1 TCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1376 + 20 29 9.17e-06 1 CCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1973 19 28 9.17e-06 1 ACGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 5185 26 35 9.17e-06 1 CCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 5565 27 36 9.17e-06 1 TCGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 3869 25 34 1.03e-05 1 GCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 6584 + 12 21 1.03e-05 1 GCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 2326 15 24 1.1e-05 1 GCGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 14565 + 25 34 1.1e-05 1 GCGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 102 15 24 1.64e-05 1 TCGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 268 12 21 1.64e-05 1 CCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 294 16 25 1.64e-05 1 ACGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 434 28 37 1.64e-05 1 CCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 922 + 10 19 1.64e-05 1 GCGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 937 + 7 16 1.64e-05 1 CCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 1135 + 13 22 1.64e-05 1 ACGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1468 16 25 1.64e-05 1 GCGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 11397 + 18 27 1.64e-05 1 TCGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 24192 + 20 29 1.64e-05 1 GCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 27169 24 33 1.64e-05 1 GCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 447 + 9 18 1.83e-05 1 GCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 573 + 29 38 1.83e-05 1 GCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 2913 18 27 1.83e-05 1 GCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 4349 15 24 1.83e-05 1 CCGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4731 21 30 1.83e-05 1 CCGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 12 7 16 2.09e-05 1 CCGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 61 2 11 2.09e-05 1 CCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4668 + 18 27 2.09e-05 1 CCGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 5609 + 24 33 2.09e-05 1 GCGCATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 7326 23 32 2.09e-05 1 GCGCATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 14035 27 36 2.09e-05 1 CCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 15622 + 22 31 2.09e-05 1 CCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 10 + 18 27 2.93e-05 1 GCTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 10 18 27 2.93e-05 1 GCTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 336 13 22 2.93e-05 1 CCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 465 21 30 2.93e-05 1 ACGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 772 2 11 2.93e-05 1 GGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1222 13 22 2.93e-05 1 GCGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1236 + 13 22 2.93e-05 1 CCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 1303 + 2 11 2.93e-05 1 GGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1392 + 21 30 2.93e-05 1 ACGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 1887 20 29 2.93e-05 1 TCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2564 + 28 37 2.93e-05 1 GCGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 3251 + 2 11 2.93e-05 1 GCGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 3911 12 21 2.93e-05 1 GCCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4253 + 27 36 2.93e-05 1 GCGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4560 11 20 2.93e-05 1 GCGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 4815 27 36 2.93e-05 1 GGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4862 + 10 19 2.93e-05 1 TCGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 5110 + 3 12 2.93e-05 1 GCGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 14623 + 27 36 2.93e-05 1 GGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 21821 25 34 2.93e-05 1 GCCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 24 2 11 3.09e-05 1 ACGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 64 5 14 3.09e-05 1 CCGCATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 926 + 25 34 3.09e-05 1 CCGCATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 1683 + 9 18 3.09e-05 1 ACGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4440 27 36 3.09e-05 1 ACGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 112 + 8 17 3.98e-05 1 CCTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 140 3 12 3.98e-05 1 CCGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 145 2 11 3.98e-05 1 CCCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 315 + 5 14 3.98e-05 1 GCAAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 790 + 23 32 3.98e-05 1 CCTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 864 9 18 3.98e-05 1 GCAAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 963 + 15 24 3.98e-05 1 CCCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1054 + 11 20 3.98e-05 1 CCGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 1378 27 36 3.98e-05 1 CCCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1419 + 15 24 3.98e-05 1 GCGCATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1963 + 5 14 3.98e-05 1 CGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2029 28 37 3.98e-05 1 CCGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2162 15 24 3.98e-05 1 CCGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 4201 23 32 3.98e-05 1 ACGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 7087 + 20 29 3.98e-05 1 CCGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7665 17 26 3.98e-05 1 ACGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7721 20 29 3.98e-05 1 CGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7986 + 20 29 3.98e-05 1 ACGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 12477 29 38 3.98e-05 1 ACGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 13329 22 31 3.98e-05 1 GCGCATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 21044 + 14 23 3.98e-05 1 ACGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 37 4 13 5.06e-05 1 ACGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 62 3 12 5.06e-05 1 TCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 112 8 17 5.06e-05 1 GCTAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 220 + 6 15 5.06e-05 1 TCGAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 273 + 29 38 5.06e-05 1 ACGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 692 + 5 14 5.06e-05 1 GCGAATTAAA
Pax4_3989.2.bml.pwm 725 + 4 13 5.06e-05 1 ACGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 790 23 32 5.06e-05 1 GCTAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 882 17 26 5.06e-05 1 GTGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 906 8 17 5.06e-05 1 GCGGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 992 + 7 16 5.06e-05 1 GCGTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1145 9 18 5.06e-05 1 GCGTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1181 + 8 17 5.06e-05 1 GCGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 1421 29 38 5.06e-05 1 ACGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 2153 + 2 11 5.06e-05 1 GTGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2214 29 38 5.06e-05 1 ACGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 3368 + 25 34 5.06e-05 1 GCCAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 3498 + 9 18 5.06e-05 1 GCGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 5838 23 32 5.06e-05 1 GCGAATTAAA
Pax4_3989.2.bml.pwm 7018 + 16 25 5.06e-05 1 GCGGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 8590 + 27 36 5.06e-05 1 GTGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 23510 + 25 34 5.06e-05 1 GGGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 29115 23 32 5.06e-05 1 GGGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 44 8 17 5.69e-05 1 CCAAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 89 17 26 5.69e-05 1 GCGAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 259 + 25 34 5.69e-05 1 GCGAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 393 + 6 15 5.69e-05 1 TCGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1203 4 13 5.69e-05 1 CCGCATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2823 + 23 32 5.69e-05 1 GCGAATTATC
Pax4_3989.2.bml.pwm 3072 + 12 21 5.69e-05 1 CCAAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 4121 25 34 5.69e-05 1 GCGAATTATC
Pax4_3989.2.bml.pwm 5379 17 26 5.69e-05 1 ACGCATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 6602 + 12 21 5.69e-05 1 ACGCATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 7013 + 20 29 5.69e-05 1 CCGCATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 8840 21 30 5.69e-05 1 TCGCATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 6 8 17 7.48e-05 1 CCGAATTAAA
Pax4_3989.2.bml.pwm 38 + 12 21 7.48e-05 1 ACTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 210 22 31 7.48e-05 1 GCAAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 248 28 37 7.48e-05 1 CCGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 313 2 11 7.48e-05 1 ACGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 349 + 4 13 7.48e-05 1 ACCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 360 2 11 7.48e-05 1 TCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 461 6 15 7.48e-05 1 TCGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 491 25 34 7.48e-05 1 CTGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 494 24 33 7.48e-05 1 ACTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 511 11 20 7.48e-05 1 TCGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 555 3 12 7.48e-05 1 CCGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 620 + 19 28 7.48e-05 1 CCTAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 620 19 28 7.48e-05 1 CCTAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 632 14 23 7.48e-05 1 GCAAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 669 29 38 7.48e-05 1 ACTAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1215 9 18 7.48e-05 1 ACCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1813 + 22 31 7.48e-05 1 CCGTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 1842 + 6 15 7.48e-05 1 ACGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2271 8 17 7.48e-05 1 AGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 2594 10 19 7.48e-05 1 CCCAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 2869 + 24 33 7.48e-05 1 CCCAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 3601 28 37 7.48e-05 1 CCGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 4734 22 31 7.48e-05 1 GCGCATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 4837 + 14 23 7.48e-05 1 CCGAATTAAA
Pax4_3989.2.bml.pwm 5414 27 36 7.48e-05 1 ACGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 5868 16 25 7.48e-05 1 CGGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 6214 + 4 13 7.48e-05 1 CGGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 6273 + 6 15 7.48e-05 1 TCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 6344 9 18 7.48e-05 1 CTGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 6589 24 33 7.48e-05 1 CCGTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7911 + 8 17 7.48e-05 1 GCGCATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 8019 + 14 23 7.48e-05 1 AGGAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 9013 27 36 7.48e-05 1 TCGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 11500 + 14 23 7.48e-05 1 CCGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 13593 + 7 16 7.48e-05 1 CCGGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 18167 + 8 17 7.48e-05 1 ACGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 18173 25 34 7.48e-05 1 CCGGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 26489 24 33 7.48e-05 1 ACGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 9 + 6 15 8.51e-05 1 GCTAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 139 9 18 8.51e-05 1 GTGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 148 24 33 8.51e-05 1 GCTAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 185 4 13 8.51e-05 1 TCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 233 11 20 8.51e-05 1 GCCAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 257 + 12 21 8.51e-05 1 CCGAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 348 10 19 8.51e-05 1 GCGTATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 444 7 16 8.51e-05 1 GGGAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 551 + 27 36 8.51e-05 1 TCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 594 + 2 11 8.51e-05 1 TCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 995 28 37 8.51e-05 1 CCGAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 1993 + 7 16 8.51e-05 1 GTGAATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 2052 + 10 19 8.51e-05 1 GCGTATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 2412 + 29 38 8.51e-05 1 TCGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 3003 20 29 8.51e-05 1 CCGAATTATC
Pax4_3989.2.bml.pwm 6964 23 32 8.51e-05 1 CCGAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 7856 17 26 8.51e-05 1 GCGGATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 8855 + 23 32 8.51e-05 1 GCGGATTAAG
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Pax4_3989.2.bml.pwm 5483 10 19 0.000366 1 GGGGATTAAC
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Pax4_3989.2.bml.pwm 11 4 13 0.000399 1 GCTAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 40 + 6 15 0.000399 1 GCTAATTAAT
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Pax4_3989.2.bml.pwm 346 23 32 0.000399 1 GGGAATTAAT
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Pax4_3989.2.bml.pwm 5545 + 18 27 0.000399 1 GCGGATTATG
Pax4_3989.2.bml.pwm 5694 20 29 0.000399 1 ACAGATTAGC
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Pax4_3989.2.bml.pwm 6145 25 34 0.000399 1 GCGGATTATG
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Pax4_3989.2.bml.pwm 7313 16 25 0.000399 1 CCTCATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7574 13 22 0.000399 1 AGGCATTAGG
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Pax4_3989.2.bml.pwm 30017 + 23 32 0.000399 1 ACAGATTAGC
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Pax4_3989.2.bml.pwm 53 1 10 0.000462 1 TCTAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 53 + 1 10 0.000462 1 TCTAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 110 10 19 0.000462 1 TCAAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 132 + 4 13 0.000462 1 ACGCATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 151 26 35 0.000462 1 TCTAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 151 + 26 35 0.000462 1 TCTAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 171 5 14 0.000462 1 GCATATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 199 8 17 0.000462 1 CCTAATTAAA
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Pax4_3989.2.bml.pwm 218 3 12 0.000462 1 GCTCATTAAG
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Pax4_3989.2.bml.pwm 316 1 10 0.000462 1 AGCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 324 29 38 0.000462 1 ACGCATTAAT
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Pax4_3989.2.bml.pwm 6991 20 29 0.000462 1 CTGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 7091 8 17 0.000462 1 ACTGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 7265 28 37 0.000462 1 CCGCATTATG
Pax4_3989.2.bml.pwm 7444 26 35 0.000462 1 GTGCATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7469 19 28 0.000462 1 AGGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7537 + 22 31 0.000462 1 GTAAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 7688 + 6 15 0.000462 1 CCGTATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 8091 12 21 0.000462 1 CCGTATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 8656 + 24 33 0.000462 1 GCAGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 9529 + 26 35 0.000462 1 CTGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 9883 29 38 0.000462 1 ACCGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 10221 12 21 0.000462 1 CCCAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 10470 20 29 0.000462 1 GCAAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 10485 21 30 0.000462 1 CTGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 11238 + 12 21 0.000462 1 CCCGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 11468 + 19 28 0.000462 1 TCAAATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 11822 6 15 0.000462 1 TCCGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 13027 + 14 23 0.000462 1 GCAAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 13043 29 38 0.000462 1 ACCGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 13858 + 24 33 0.000462 1 CGGAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 13910 + 14 23 0.000462 1 AGGAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 13926 + 12 21 0.000462 1 ACCAATTACC
Pax4_3989.2.bml.pwm 13999 14 23 0.000462 1 ACCGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 14118 + 19 28 0.000462 1 ATGAATTAGA
Pax4_3989.2.bml.pwm 15378 + 13 22 0.000462 1 TCTGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 15485 + 28 37 0.000462 1 GCAAATTACG
Pax4_3989.2.bml.pwm 16212 20 29 0.000462 1 CCCGATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 16551 + 5 14 0.000462 1 AGGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 16724 + 21 30 0.000462 1 CCGCATTATG
Pax4_3989.2.bml.pwm 16786 + 17 26 0.000462 1 ACGGATTAAA
Pax4_3989.2.bml.pwm 17022 26 35 0.000462 1 AGCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 20608 + 28 37 0.000462 1 AGGGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 20624 + 17 26 0.000462 1 CTCAATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 22029 + 23 32 0.000462 1 TGGGATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 22674 28 37 0.000462 1 CCCTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 24829 23 32 0.000462 1 GCCCATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 26021 + 8 17 0.000462 1 GGGCATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 27918 + 25 34 0.000462 1 CGGTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 40329 + 20 29 0.000462 1 CCTTATTAGC
Pax4_3989.2.bml.pwm 41444 + 23 32 0.000462 1 ACTGATTAGG
Pax4_3989.2.bml.pwm 5 + 12 21 0.000515 1 ACGGATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 29 4 13 0.000515 1 GGTAATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 36 3 12 0.000515 1 ACGTATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 121 2 11 0.000515 1 GTGAATTAAA
Pax4_3989.2.bml.pwm 126 1 10 0.000515 1 TCGTATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 176 15 24 0.000515 1 ATGAATTAGT
Pax4_3989.2.bml.pwm 204 + 11 20 0.000515 1 CCTAATTAAT
Pax4_3989.2.bml.pwm 224 1 10 0.000515 1 CCCAATTATC
Pax4_3989.2.bml.pwm 275 11 20 0.000515 1 GCCGATTAAG
Pax4_3989.2.bml.pwm 287 3 12 0.000515 1 CCACATTAAC
Pax4_3989.2.bml.pwm 293 18 27 0.000515 1 GTTAATTAGG

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/descend -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/uniprobes.descend.fasta

Settings:

output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/descend MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/pwm.fimo sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssd0afv2rvbbqtgncaaocjnorsr3qea3tboeb7k5ec36079v7ec7d0/uniprobes.descend.fasta
allow clobber = true compute q-values = true text only = false
scan both strands = true max sequence length = 250000000 output threshold = 0.001
threshold type = p-value max stored scores = 100000 pseudocount = 0.1
verbosity = 2

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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