Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.9.0, (Release date: 6 EST 20)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011.

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/uniprobes.descend.fasta
Database contains 41736 sequences, 2504160 residues

MOTIFS /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/pwm.fimo (nucleotide)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
REF-1.pwm 17 TCAAGGCACGTGCCTTA

Random model letter frequencies (from non-redundant database):
A 0.275 C 0.225 G 0.225 T 0.275

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
REF-1.pwm 34 + 14 30 3.29e-07 0.877 CAAGGGCACGTGCCAGA
REF-1.pwm 55 − 20 36 8.15e-07 0.877 TGAGAGCACGTGCCAGA
REF-1.pwm 34 − 15 31 1.05e-06 0.877 ATCTGGCACGTGCCCTT
REF-1.pwm 127 − 14 30 1.23e-06 0.877 GCTAGGCACGTGCTTGA
REF-1.pwm 38 − 18 34 1.33e-06 0.877 TGCCAGCACGTGTCTAA
REF-1.pwm 21 + 11 27 1.8e-06 0.877 TAGCGACACGTGCCTTA
REF-1.pwm 29 + 26 42 1.8e-06 0.877 TGATGACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 21 − 12 28 2.7e-06 0.954 ATAAGGCACGTGTCGCT
REF-1.pwm 24 − 1 17 2.89e-06 0.954 CGACGGCACGTGCAAAC
REF-1.pwm 25 + 26 42 3.07e-06 0.954 AGAGAGCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 54 − 6 22 3.07e-06 0.954 GCGTGGCACGTGTTAAA
REF-1.pwm 17 − 22 38 3.93e-06 0.979 ACGGGACACGTGTCCTA
REF-1.pwm 346 + 15 31 4.18e-06 0.979 AGATGGCACGTGTGAGG
REF-1.pwm 2 + 8 24 4.43e-06 0.979 ACCAGACACGTGGCAAA
REF-1.pwm 55 + 19 35 5.27e-06 0.979 TTCTGGCACGTGCTCTC
REF-1.pwm 56 + 26 42 5.57e-06 0.979 TCATAACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 28 + 20 36 5.9e-06 0.979 TCCCAGCACGTGTGTAA
REF-1.pwm 4 + 4 20 6.58e-06 0.979 ATCAGCCACGTGTCTGA
REF-1.pwm 326 − 22 38 6.58e-06 0.979 ACTCGGCACGTGTGCTG
REF-1.pwm 112 + 6 22 7.3e-06 0.979 TTAAGGCACGTGGAAGT
REF-1.pwm 207 + 20 36 7.3e-06 0.979 GCCGGGCACGTGTACTT
REF-1.pwm 1822 − 14 30 8.09e-06 0.979 GCACGACACGTGTTTGT
REF-1.pwm 127 + 13 29 8.51e-06 0.979 GTCAAGCACGTGCCTAG
REF-1.pwm 480 − 7 23 8.95e-06 0.979 TAAAGACACGTGCGCTC
REF-1.pwm 20 − 10 26 9.39e-06 0.979 ATTGGGCACGTGGCAAT
REF-1.pwm 29 − 27 43 9.39e-06 0.979 CACAGACACGTGTCATC
REF-1.pwm 102 + 6 22 9.39e-06 0.979 TGACTGCACGTGTTCAA
REF-1.pwm 8 + 2 18 9.85e-06 0.979 GCTTGGCACGTGGCTCA
REF-1.pwm 4 − 5 21 1.03e-05 0.979 ATCAGACACGTGGCTGA
REF-1.pwm 20 + 9 25 1.03e-05 0.979 GATTGCCACGTGCCCAA
REF-1.pwm 2694 + 16 32 1.03e-05 0.979 TGAAGCCACGTGCAGTT
REF-1.pwm 1499 + 14 30 1.08e-05 0.979 AATTAGCACGTGTCCGG
REF-1.pwm 109 + 21 37 1.19e-05 0.979 AGTCGGCACGTGCATCG
REF-1.pwm 604 + 26 42 1.19e-05 0.979 CATCAGCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 204 + 17 33 1.3e-05 0.979 TCGTAGCACGTGCAATC
REF-1.pwm 1433 + 11 27 1.3e-05 0.979 TCACTACACGTGCTATA
REF-1.pwm 11 − 14 30 1.36e-05 0.979 TAATGGCACGTGGGTGG
REF-1.pwm 665 + 26 42 1.36e-05 0.979 ACCCAACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 4889 − 27 43 1.36e-05 0.979 CACAGACACGTGTAGAA
REF-1.pwm 16819 − 4 20 1.36e-05 0.979 TCACGGCACGTATCTTA
REF-1.pwm 203 + 21 37 1.42e-05 0.979 TACTGACACGTGTTAAG
REF-1.pwm 16 − 22 38 1.49e-05 0.979 ACATTACACGTGTATTA
REF-1.pwm 85 − 17 33 1.49e-05 0.979 TGGAAACACGTGCCTAT
REF-1.pwm 625 − 1 17 1.49e-05 0.979 ACTTAGCACGTGCGTAC
REF-1.pwm 203 − 22 38 1.55e-05 0.979 ACTTAACACGTGTCAGT
REF-1.pwm 533 − 17 33 1.55e-05 0.979 CGCGGGCACGTGTATGC
REF-1.pwm 1593 + 26 42 1.55e-05 0.979 TTCCGCCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 635 + 22 38 1.62e-05 0.979 GCGAGGCACGTGCGGGT
REF-1.pwm 677 + 8 24 1.69e-05 0.979 ACTCGACACGTGTAGGT
REF-1.pwm 1499 − 15 31 1.69e-05 0.979 GCCGGACACGTGCTAAT
REF-1.pwm 2273 − 4 20 1.77e-05 0.979 GCAAGGCACGGGTCAGA
REF-1.pwm 8 − 3 19 1.84e-05 0.979 ATGAGCCACGTGCCAAG
REF-1.pwm 1461 − 18 34 1.84e-05 0.979 TGCCGGCACGCGCCGTA
REF-1.pwm 1433 − 12 28 1.92e-05 0.979 GTATAGCACGTGTAGTG
REF-1.pwm 1643 − 15 31 1.92e-05 0.979 ATGAGGCGCGTGCCTAA
REF-1.pwm 10414 − 24 40 1.92e-05 0.979 AGACGCCACGTGTGAAT
REF-1.pwm 200 − 26 42 2e-05 0.979 ACAGACCACGTGTCAAC
REF-1.pwm 298 − 11 27 2e-05 0.979 ACAAACCACGTGCGGTA
REF-1.pwm 475 + 15 31 2e-05 0.979 AAACAGCACGTGCTGCT
REF-1.pwm 707 + 7 23 2e-05 0.979 CCAGGCCACGTGGCGTA
REF-1.pwm 2 − 9 25 2.09e-05 0.979 ATTTGCCACGTGTCTGG
REF-1.pwm 56 − 27 43 2.09e-05 0.979 CACAGACACGTGTTATG
REF-1.pwm 109 − 22 38 2.09e-05 0.979 ACGATGCACGTGCCGAC
REF-1.pwm 480 + 6 22 2.09e-05 0.979 GGAGCGCACGTGTCTTT
REF-1.pwm 13 + 8 24 2.17e-05 0.979 AGCAGGCACGTGACCTA
REF-1.pwm 604 − 27 43 2.17e-05 0.979 CACAGACACGTGCTGAT
REF-1.pwm 19 + 4 20 2.26e-05 0.979 GGCGGACACGTGCAAAT
REF-1.pwm 25 − 27 43 2.26e-05 0.979 CACAGACACGTGCTCTC
REF-1.pwm 48 − 17 33 2.26e-05 0.979 TCTGTGCACGTGCATTT
REF-1.pwm 85 + 16 32 2.26e-05 0.979 CATAGGCACGTGTTTCC
REF-1.pwm 9 − 3 19 2.36e-05 0.979 CGTAGACACGTGTAAAG
REF-1.pwm 427 + 26 42 2.36e-05 0.979 CAGGGACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 1593 − 27 43 2.36e-05 0.979 CACAGACACGTGGCGGA
REF-1.pwm 1668 − 22 38 2.36e-05 0.979 ACATGACACGTGACAAA
REF-1.pwm 6086 + 26 42 2.36e-05 0.979 CCTCTGCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 12 + 2 18 2.45e-05 0.979 ATACAACACGTGTTTGT
REF-1.pwm 95 − 4 20 2.45e-05 0.979 CAAAAGCACGTGGTTAT
REF-1.pwm 241 + 2 18 2.45e-05 0.979 CCAAAACACGTGCATGC
REF-1.pwm 70 + 22 38 2.55e-05 0.979 TAAGACCACGTGTCAGT
REF-1.pwm 277 − 5 21 2.55e-05 0.979 ATTTGGCGCGTGTCAGA
REF-1.pwm 705 + 3 19 2.55e-05 0.979 ACATGACACGTGCGCCG
REF-1.pwm 5322 + 26 42 2.55e-05 0.979 TAGGGCCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 7 + 4 20 2.65e-05 0.979 TATCCGCACGTGTAAAA
REF-1.pwm 1235 + 13 29 2.65e-05 0.979 TCAAGTCACGTGTATAT
REF-1.pwm 6086 − 27 43 2.65e-05 0.979 CACAGACACGTGCAGAG
REF-1.pwm 48 + 16 32 2.76e-05 0.979 GAAATGCACGTGCACAG
REF-1.pwm 73 − 7 23 2.76e-05 0.979 TGACAACACGTGGCGTT
REF-1.pwm 241 − 3 19 2.76e-05 0.979 AGCATGCACGTGTTTTG
REF-1.pwm 707 − 8 24 2.76e-05 0.979 ATACGCCACGTGGCCTG
REF-1.pwm 1041 − 27 43 2.76e-05 0.979 CACAGACACGTGCAGAC
REF-1.pwm 80 − 12 28 2.87e-05 0.979 AATACGCACGTGTACAA
REF-1.pwm 427 − 27 43 2.87e-05 0.979 CACAGACACGTGTCCCT
REF-1.pwm 1041 + 26 42 2.87e-05 0.979 GGTCTGCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 53 − 1 17 2.98e-05 0.979 ACGAAGCACGTGTGAGC
REF-1.pwm 1100 − 14 30 2.98e-05 0.979 ACAGAACACGTGTGTAG
REF-1.pwm 2458 + 5 21 2.98e-05 0.979 TGCCAACACGTGCGGTA
REF-1.pwm 709 − 20 36 3.1e-05 0.979 CGTGGCCACGTGCACTA
REF-1.pwm 1110 + 24 40 3.1e-05 0.979 TTGCGGCACGTGTGTCT
REF-1.pwm 73 + 6 22 3.22e-05 0.979 GAACGCCACGTGTTGTC
REF-1.pwm 387 − 8 24 3.22e-05 0.979 GCCCGGCACGTGGTGCA
REF-1.pwm 4571 − 24 40 3.22e-05 0.979 AGACCGCACGTGCTCAC
REF-1.pwm 33588 + 8 24 3.22e-05 0.979 AGACGGCACGCGGCAGA
REF-1.pwm 17 + 21 37 3.35e-05 0.979 CTAGGACACGTGTCCCG
REF-1.pwm 31 − 27 43 3.35e-05 0.979 CACAGACACGTGTTCCA
REF-1.pwm 1822 + 13 29 3.35e-05 0.979 GACAAACACGTGTCGTG
REF-1.pwm 5649 + 26 42 3.35e-05 0.979 CCATGTCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 10109 + 26 42 3.35e-05 0.979 TTACGGCACGGGTCTGT
REF-1.pwm 9 + 2 18 3.48e-05 0.979 TCTTTACACGTGTCTAC
REF-1.pwm 12 − 3 19 3.48e-05 0.979 CACAAACACGTGTTGTA
REF-1.pwm 179 + 4 20 3.48e-05 0.979 CACTGGCACGCGTCCTA
REF-1.pwm 475 − 16 32 3.48e-05 0.979 CAGCAGCACGTGCTGTT
REF-1.pwm 4234 − 6 22 3.48e-05 0.979 ATACGGCGCGTGGCGTA
REF-1.pwm 487 − 27 43 3.62e-05 0.979 CACAGACACGTGGAAGA
REF-1.pwm 1229 − 11 27 3.62e-05 0.979 TACCGCCACGTGCGTGT
REF-1.pwm 2694 − 17 33 3.62e-05 0.979 GAACTGCACGTGGCTTC
REF-1.pwm 2887 − 4 20 3.62e-05 0.979 GCCAGCCACGTGTTCTC
REF-1.pwm 3349 − 27 43 3.62e-05 0.979 CACAGACACGTGCGTGC
REF-1.pwm 4103 + 26 42 3.62e-05 0.979 ACCAGGCACGGGTCTGT
REF-1.pwm 5806 − 26 42 3.62e-05 0.979 ACAGACCACGTGCAAAC
REF-1.pwm 2323 − 2 18 3.76e-05 0.979 TGAGGGCACGCGTCCCA
REF-1.pwm 3 − 6 22 3.9e-05 0.979 CGGTGACACGTGCATGG
REF-1.pwm 665 − 27 43 3.9e-05 0.979 CACAGACACGTGTTGGG
REF-1.pwm 1643 + 14 30 3.9e-05 0.979 TTTAGGCACGCGCCTCA
REF-1.pwm 3349 + 26 42 3.9e-05 0.979 CGCACGCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 13237 − 4 20 3.9e-05 0.979 TGTAGGCACGCGGCTAA
REF-1.pwm 34343 − 13 29 3.9e-05 0.979 ACAAGGCATGTGCTAGG
REF-1.pwm 57 − 27 43 4.06e-05 0.979 CACAGACACGTGTGCTC
REF-1.pwm 95 + 3 19 4.06e-05 0.979 TATAACCACGTGCTTTT
REF-1.pwm 231 + 1 17 4.06e-05 0.979 GGGAGACACGTGTGTTG
REF-1.pwm 594 + 4 20 4.06e-05 0.979 ACATGGCTCGTGCCTGG
REF-1.pwm 2177 − 4 20 4.06e-05 0.979 CGGAGGCACGTGGACTC
REF-1.pwm 2887 + 3 19 4.06e-05 0.979 TGAGAACACGTGGCTGG
REF-1.pwm 6210 − 15 31 4.06e-05 0.979 ACTGGGCATGTGCCTTC
REF-1.pwm 10060 + 8 24 4.06e-05 0.979 ACAAGGAACGTGCTGTA
REF-1.pwm 186 − 14 30 4.22e-05 0.979 TGGTAGCACGTGGCCCA
REF-1.pwm 966 + 21 37 4.22e-05 0.979 TCTAAGCACGTGGTCGG
REF-1.pwm 12568 + 26 42 4.22e-05 0.979 CGAAGGCACGGGTCTGT
REF-1.pwm 13 − 9 25 4.38e-05 0.979 ATAGGTCACGTGCCTGC
REF-1.pwm 38 + 17 33 4.38e-05 0.979 CTTAGACACGTGCTGGC
REF-1.pwm 72 + 5 21 4.38e-05 0.979 CGAAAGCACGTGTAGCC
REF-1.pwm 204 − 18 34 4.38e-05 0.979 AGATTGCACGTGCTACG
REF-1.pwm 255 + 14 30 4.38e-05 0.979 GTGGAGCACGTGTTATT
REF-1.pwm 258 + 26 42 4.38e-05 0.979 GGGCAACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 1905 + 16 32 4.38e-05 0.979 CCGGTGCACGTGCTTGA
REF-1.pwm 7629 − 20 36 4.38e-05 0.979 GCAGGGCACGTGATCTA
REF-1.pwm 37814 + 10 26 4.38e-05 0.979 GCCCGGCACGAGCCCTA
REF-1.pwm 255 − 15 31 4.55e-05 0.979 CAATAACACGTGCTCCA
REF-1.pwm 1747 + 9 25 4.55e-05 0.979 AGGTGGCACGGGCCGAA
REF-1.pwm 5936 − 14 30 4.55e-05 0.979 ACATGACATGTGTCTTG
REF-1.pwm 22140 − 5 21 4.55e-05 0.979 ACATGGCACGTCCAGTA
REF-1.pwm 19 − 5 21 4.73e-05 0.979 GATTTGCACGTGTCCGC
REF-1.pwm 35 + 26 42 4.73e-05 0.979 CAGTAACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 2381 + 15 31 4.73e-05 0.979 CACCGGCACGTGGGCTG
REF-1.pwm 4582 − 22 38 4.73e-05 0.979 ACATGGCACATGTAATT
REF-1.pwm 15258 − 8 24 4.73e-05 0.979 TAAAGGCCCGTGCGTTA
REF-1.pwm 23797 + 19 35 4.73e-05 0.979 TGAAGGCCCGTGCCCGT
REF-1.pwm 35 − 27 43 4.91e-05 0.979 CACAGACACGTGTTACT
REF-1.pwm 112 − 7 23 4.91e-05 0.979 GACTTCCACGTGCCTTA
REF-1.pwm 954 − 24 40 4.91e-05 0.979 AGACGCCACGTGCTGCC
REF-1.pwm 4075 + 26 42 4.91e-05 0.979 TATCGGCATGTGTCTGT
REF-1.pwm 13750 + 26 42 4.91e-05 0.979 AGGCGGCGCGTGTCTGT
REF-1.pwm 310 − 10 26 5.1e-05 0.979 TAGGGGCACGTGCGGCG
REF-1.pwm 709 + 19 35 5.1e-05 0.979 ATAGTGCACGTGGCCAC
REF-1.pwm 1014 − 15 31 5.1e-05 0.979 CTAGTGCACGTGTGGAA
REF-1.pwm 5490 − 26 42 5.1e-05 0.979 ACAGACCACGTGCGTAC
REF-1.pwm 6257 + 22 38 5.1e-05 0.979 ACTGGGCATGTGTCTGT
REF-1.pwm 12111 + 8 24 5.1e-05 0.979 TCAAGGCGCGTGTGGGT
REF-1.pwm 58 + 12 28 5.3e-05 0.979 AACGAGCACGTGGATAC
REF-1.pwm 1461 + 17 33 5.3e-05 0.979 GTACGGCGCGTGCCGGC
REF-1.pwm 5048 − 19 35 5.3e-05 0.979 TGCAGGCATGTGTGTTA
REF-1.pwm 13367 − 11 27 5.3e-05 0.979 AAAAGGCAGGTGGCTAA
REF-1.pwm 3 + 5 21 5.5e-05 0.979 CCCATGCACGTGTCACC
REF-1.pwm 54 + 5 21 5.5e-05 0.979 ATTTAACACGTGCCACG
REF-1.pwm 4851 − 15 31 5.5e-05 0.979 ACACGCCATGTGCCGAA
REF-1.pwm 4936 + 21 37 5.5e-05 0.979 GCATGGCACGCGCAAGG
REF-1.pwm 5304 + 18 34 5.5e-05 0.979 ACTATGCGCGTGCCATA
REF-1.pwm 11512 − 10 26 5.5e-05 0.979 AAAGGGCACGAGCACAA
REF-1.pwm 13625 + 26 42 5.5e-05 0.979 CGCAGGCACGCGTCTGT
REF-1.pwm 11 + 13 29 5.71e-05 0.979 TCCACCCACGTGCCATT
REF-1.pwm 987 − 26 42 5.71e-05 0.979 ACAGACCACGTGTAGGT
REF-1.pwm 4889 + 26 42 5.71e-05 0.979 ATTCTACACGTGTCTGT
REF-1.pwm 11385 + 16 32 5.71e-05 0.979 TGACGGTACGTGCGTAA
REF-1.pwm 393 + 11 27 5.93e-05 0.979 CCCCGCCACGTGCGTGG
REF-1.pwm 6210 + 14 30 5.93e-05 0.979 CGAAGGCACATGCCCAG
REF-1.pwm 70 − 23 39 6.16e-05 0.979 GACTGACACGTGGTCTT
REF-1.pwm 121 + 8 24 6.16e-05 0.979 AACAGTCACGTGCCGCA
REF-1.pwm 966 − 22 38 6.16e-05 0.979 ACCGACCACGTGCTTAG
REF-1.pwm 2458 − 6 22 6.16e-05 0.979 TTACCGCACGTGTTGGC
REF-1.pwm 4234 + 5 21 6.16e-05 0.979 ATACGCCACGCGCCGTA
REF-1.pwm 4571 + 23 39 6.16e-05 0.979 CGTGAGCACGTGCGGTC
REF-1.pwm 19709 + 26 42 6.16e-05 0.979 TAAGGGTACGTGTCTGT
REF-1.pwm 217 − 1 17 6.4e-05 0.979 ATCCGTCACGTGTCAAC
REF-1.pwm 333 − 7 23 6.4e-05 0.979 TCCATACACGTGCAACA
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REF-1.pwm 1559 − 10 26 6.4e-05 0.979 CGCTGCCACGTGGAAAA
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REF-1.pwm 5304 − 19 35 6.4e-05 0.979 GTATGGCACGCGCATAG
REF-1.pwm 10809 + 20 36 6.4e-05 0.979 GAAAGGTACGTGTCTAG
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REF-1.pwm 39200 + 20 36 6.4e-05 0.979 CCATGGCACTTGCCTTC
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REF-1.pwm 26 + 2 18 7.15e-05 0.979 TGGTAACACGTGTACAC
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REF-1.pwm 4504 + 13 29 7.43e-05 0.979 CGACGGCACGTTTATAA
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REF-1.pwm 16 + 21 37 7.72e-05 0.979 GTAATACACGTGTAATG
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REF-1.pwm 200 + 25 41 7.72e-05 0.979 GGTTGACACGTGGTCTG
REF-1.pwm 333 + 6 22 7.72e-05 0.979 ATGTTGCACGTGTATGG
REF-1.pwm 346 − 16 32 7.72e-05 0.979 CCCTCACACGTGCCATC
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REF-1.pwm 5322 − 27 43 7.72e-05 0.979 CACAGACACGTGGCCCT
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REF-1.pwm 40414 − 18 34 7.72e-05 0.979 ACAAGGCACCTGCGTTC
REF-1.pwm 57 + 26 42 8.01e-05 0.979 CGAGCACACGTGTCTGT
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REF-1.pwm 2276 + 26 42 8.01e-05 0.979 TCGAGACGCGTGTCTGT
REF-1.pwm 4591 + 26 42 8.01e-05 0.979 CACGACCACGTGTCTGT
REF-1.pwm 9794 − 26 42 8.01e-05 0.979 ACAGACCACGTGTGAGC
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REF-1.pwm 45 − 2 18 8.32e-05 0.979 TCACTCCACGTGCAGAG
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REF-1.pwm 3394 + 19 35 8.64e-05 0.979 GTACGTCACGTGCTTAC
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REF-1.pwm 2568 + 26 42 9.32e-05 0.979 TTCAGGTACGTGTCTGT
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REF-1.pwm 5665 − 12 28 9.32e-05 0.979 CATGAGCACGTGTTCCT
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REF-1.pwm 4363 − 23 39 9.68e-05 0.979 GACCGGCACGCGTTTAT
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REF-1.pwm 13796 − 11 27 9.68e-05 0.979 TCTGGGGACGTGCCTAC
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REF-1.pwm 87 − 9 25 0.000101 0.979 GTTAACCACGTGTATAT
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REF-1.pwm 1430 + 26 42 0.000203 0.979 ACACAACACGAGTCTGT
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REF-1.pwm 1434 − 27 43 0.00021 0.979 CACAGACACGCGTCCCA
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REF-1.pwm 1873 − 27 43 0.000243 0.979 CACAGACACGTTTCCGA
REF-1.pwm 2271 − 27 43 0.000243 0.979 CACAGACACGTGGGACC
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REF-1.pwm 28092 + 14 30 0.000243 0.979 CTACGGCACCTGCCGCT
REF-1.pwm 30985 − 24 40 0.000243 0.979 AGACTGGACGTGCCATT
REF-1.pwm 69 − 9 25 0.000251 0.979 TCGGGACACGGGCACGA
REF-1.pwm 637 + 26 42 0.000251 0.979 AGTCAGCTCGTGTCTGT
REF-1.pwm 1187 − 2 18 0.000251 0.979 TCACAACACTTGCAAAA
REF-1.pwm 2495 + 21 37 0.000251 0.979 ATCAGACGCGTGTTGAG
REF-1.pwm 3188 − 27 43 0.000251 0.979 CACAGACGCGTGTTTAC
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REF-1.pwm 3937 − 27 43 0.000251 0.979 CACAGACACGCGCTAAG
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REF-1.pwm 699 − 27 43 0.00026 0.979 CACAGACACGTGAATTT
REF-1.pwm 1174 − 6 22 0.00026 0.979 GGCTCGCACGTGTGTCT
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REF-1.pwm 2800 − 8 24 0.00026 0.979 ATATTACACGGGCCTGA
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REF-1.pwm 3491 + 22 38 0.00026 0.979 TATTGGCACGTATAGGT
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REF-1.pwm 5314 − 22 38 0.00026 0.979 ACCGGGCACATGGGATA
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REF-1.pwm 16836 + 11 27 0.00027 0.979 TACAGGAACGTGTGTGT
REF-1.pwm 18978 + 2 18 0.00027 0.979 ACGGAGCACGTCCCGGA
REF-1.pwm 19709 − 27 43 0.00027 0.979 CACAGACACGTACCCTT
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REF-1.pwm 32357 + 15 31 0.000299 0.979 GATCGGCACGTCTGCAA
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REF-1.pwm 35391 + 5 21 0.000299 0.979 GCACCGCACCTGTCCAA
REF-1.pwm 40402 + 25 41 0.000299 0.979 TGACGGCAGGTGGTCTG
REF-1.pwm 162 + 4 20 0.00031 0.979 TTAGAGCGCGTGCTACG
REF-1.pwm 166 − 10 26 0.00031 0.979 ACGAGGCACGCGCGCCC
REF-1.pwm 670 + 4 20 0.00031 0.979 TGCTGACGCGTGGCGAC
REF-1.pwm 856 + 5 21 0.00031 0.979 TTGATCCACGTGCGCTT
REF-1.pwm 1019 + 15 31 0.00031 0.979 CAAGAGCACATGTATTT
REF-1.pwm 1466 − 27 43 0.00031 0.979 CACAGACACGTTTCCTT
REF-1.pwm 1517 + 23 39 0.00031 0.979 ATGAAACACGTGGGGTC
REF-1.pwm 2540 − 15 31 0.00031 0.979 GATGTCCACGTGGCGAA
REF-1.pwm 3260 + 9 25 0.00031 0.979 CGACCCCACGTGCTCGG
REF-1.pwm 5354 − 27 43 0.00031 0.979 CACAGACACATGTCCTC
REF-1.pwm 6442 + 16 32 0.00031 0.979 CTATCGCACGCGTATTA
REF-1.pwm 7496 + 9 25 0.00031 0.979 AGTGGAAACGTGCCATC
REF-1.pwm 7583 − 14 30 0.00031 0.979 AGCAGACACATGTTATC
REF-1.pwm 8183 + 23 39 0.00031 0.979 CAATTCCACGTGTGGTC
REF-1.pwm 8826 − 9 25 0.00031 0.979 TGGAAGCCCGTGCCCAG
REF-1.pwm 9876 − 15 31 0.00031 0.979 AAAGGGTACGTGGTTTC
REF-1.pwm 9989 − 2 18 0.00031 0.979 AAAGGACACGTTTTATC
REF-1.pwm 10814 − 27 43 0.00031 0.979 CACAGACACGCGCTCAC
REF-1.pwm 11118 + 26 42 0.00031 0.979 GTAGAGCTCGTGTCTGT
REF-1.pwm 13106 − 24 40 0.00031 0.979 AGACGTCATGTGCTTTA
REF-1.pwm 15043 − 27 43 0.00031 0.979 CACAGACACGTGAATTG
REF-1.pwm 15287 + 4 20 0.00031 0.979 GGGTGGCATGTGTTGAG
REF-1.pwm 15819 − 22 38 0.00031 0.979 ACACGGCACACGTATTA
REF-1.pwm 17020 − 8 24 0.00031 0.979 AGGTGGCACGTACGTTC
REF-1.pwm 17641 − 12 28 0.00031 0.979 GCTCAGCATGTGCATCA
REF-1.pwm 17960 + 1 17 0.00031 0.979 TCTATGCACCTGCCAAG
REF-1.pwm 20474 + 10 26 0.00031 0.979 TCGAGACACTTGCCAGC
REF-1.pwm 22215 − 16 32 0.00031 0.979 GGGGGACACGCGGCTTA
REF-1.pwm 22638 + 26 42 0.00031 0.979 AAAATGCACTTGTCTGT
REF-1.pwm 24042 − 22 38 0.00031 0.979 ACGCGGCACGTCTTGTC
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/home/yang23/programs/meme_4.9.0/bin/fimo -oc /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/descend -thresh 0.001 /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/pwm.fimo /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/uniprobes.descend.fasta

Settings: 




output directory = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/descend
MEME file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/pwm.fimo
sequence file name = /srv/wwwtest/htdocs/TFBSshape/temp/ssde3599v5354qd634lvi43p7im04ud0gmqfg3jdqat6pqjtjsavb0/uniprobes.descend.fasta




allow clobber = true
compute q-values = true
text only = false




scan both strands = true
max sequence length = 250000000
output threshold = 0.001




threshold type = p-value
max stored scores = 100000
pseudocount = 0.1




verbosity = 2

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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